ポリソームプロファイリング
手順は、目的の細胞の細胞溶解物を作ることから始まります。 このライセートは、ポリソーム、モノソーム(mRNA上に存在する一つのリボソームからなる)、小さな(真核生物では40S)と大きな(真核生物では60S)リボソームサブユニット、”フリー”mRNAと他の可溶性細胞成分のホストが含まれています。
この手順は、遠心分離機管内で連続的に可変密度の連続ショ糖勾配を作ることによって継続する。 使用される濃度(実施例では15-45%)では、スクロースはリボソームおよびmRNAの会合を破壊しない。 勾配の15%の部分は管の上部にあり、45%の部分は密度が異なるため下部にあります。次いで、ライセートの特定の量(光学密度によって測定される)を、管内の勾配の上に穏やかに層状化する。
次いで、ライセートの特定の量(光学密度によ 溶解物は、多量の可溶性物質を含んでいるにもかかわらず、15%ショ糖よりもはるかに密度が低いので、これを穏やかに行うと、チューブの上部に別の層とし
ライセートの成分を分離するために、調製物を遠心分離に供する。
ライセートの成分を分離するために、調製物を遠心分離に供する。 これは、ライセートの成分を重力の何倍もの力で加速し、したがって個々の成分がどのように「大きい」かに基づいて勾配を通ってそれらを推進する。 小さな(40S)サブユニットは、大きな(60s)サブユニットよりも勾配にあまり遠く移動しません。 MRNA上の80sリブソームはさらに移動する(移動距離に対するmRNAのサイズの寄与は有意ではないことに注意)。 2つのリボソームからなるポリソームはさらに移動し、3つのリボソームを持つポリソームはさらに移動し、オンとオンに移動します。 コンポーネントの”サイズ”は、svedberg単位のSによって指定されます。 一つのS=10-13秒であり、”ビッグ”の概念は実際には単純化し過ぎであることに注意してください。
スクロース勾配とimmunoblot
遠心分離後、チューブの内容物は、上(小さい、遅い走行)から下(大きい、速い走行)までの画分として収集され、画分の光学密度が決定される。 除去された最初の画分は、tRNA、個々のタンパク質などの比較的小さな分子を大量に有する。