I 1885, etter at hans virksomhet falt ned, sluttet 35 år gamle Reyes seg til hæren for å kjempe I Borgerkrigen i 1885, og på grunn av hans mot og dyktighet i krigføring ble Han forfremmet til General kort tid etter. Midt i krigen ga President Rafael Nuñ ham ansvaret for å lede operasjoner for å erobre Tilbake Panama som en del av Det Colombianske territoriet; oppdraget var opprinnelig under kommando Av divisjonens general, Gral. Miguel Montoya, Men Reyes var den som hadde kommandoen. En sjøoperasjon ble satt av Fra Buenaventura Til Panama, Hvor Reyes måtte gjenopprette en gammel pontong fra korrosjon for å gjøre opp for mangelen på skip i sin flåte, og kunne flytte sine tropper; feat kjent som «Pontoon’ S Adventure». Da ekspedisjonen ankom Panamá, gjenopprettet de den sivile og militære autoriteten, og noen dager senere forlot All Amerikansk styrke tilstedeværelsen isthmusen. Etter Den Panamanske opprøreren Azpurría overgav Seg før Dem, ledet Reyes et muntlig krigsråd som resulterte i henrettelsen Av Antoine Petricelli Fra Haiti og Den Jamaicanske George Davis, aka «Cocobolo», begge holdt ansvarlige for brannen I Coló, Panama City.

Pedro Prest@n, også skylden For Coló, Panama ildbrann, ble hengt på August 18th, tre måneder etter et krigsråd ledet Av Pedro Nel Ospina; likevel falt alt ansvaret ned På Reyes. I mellomtiden Jobbet President Rafael Nuñ med å etablere en fast og sentralisert organisasjon i Staten.

med nederlaget til radikale Liberale og fremveksten til makten av Det Konservative partiet som søkte en ny sentralisert grunnlov, Ble 1863 Grunnloven avskaffet, og ledet Av President Rafael Nuñ Til Grunnloven av 1886, som ville være i styre for de neste hundre årene. Den 11. November 1885, Da Den Nasjonale Konstituerende Forsamling ble etablert, fikk Reyes et sete, men hans deltakelse i Magna Carta var på en eller annen måte uheldig, på grunn Av Det Faktum At Miguel Antonio Caro motsatte seg de fleste av hans bevegelser.

I 1887 Ga Regjeringen Reyes En «konfidensiell oppgave» I Europa: å skaffe noen kreditter og lån; oppgave som ikke lyktes, Men Da Han kom tilbake, utnevnte Nuñ Ham Til Utviklingsminister. I 1888 vendte Han tilbake til sine personlige aktiviteter og kjøpte Andorra ranch, i nærheten Av Tocaima, hvor landbruket ga ham tilbake sin tidligere tapte rikdom. I 1890 ble Han valgt til senator og stilte som visepresident I Colombia i 1892, men tapte på meningsmålingene. Fem år senere deltok han i Borgerkrigen i 1895, og senere samme år ble Han Utnevnt Til Minister av President Miguel Antonio Caro, til tross for et gammelt fiendskap mellom Dem som gikk tilbake til Tiden til Den Konstituerende Forsamling.I 1896, i de dager Da Reyes hadde sjanser til å bli presidentkandidat, bestemte Caro seg for å sende Ham til Paris som Ambassadør For Colombia, som holdt Ham borte fra presidentvalget i 1898; og også forstyrre hans engasjement i Tusen Dagers Krig.Siden 1902 Bodde Reyes i Mexico mens han arrangerte og satte opp alt for presidentvalget i 1904.

I 1904 ga José Manuel Marroquí president ham oppgaven å sette sammen en hær på hundre tusen frivillige for å kjempe Og vinne Tilbake Panamá. Tre Generaler var med Ham i dette oppdraget: Pedro Nel Ospina, Lucas Caballero og Jorge Holguí.på grunn av etterretningsinformasjon som kom til Bogota angående bevegelsen og arrangementet av nye amerikanske slagskip I Stillehavet og Karibia, Flyttet Colombias tilnærming bort fra krigsførelse til en mer diplomatisk måte å gjøre ting på; Det faktum at Mayflower, Det Nordamerikanske flaggskipet I Atlanterhavet og andre ti skip var vokter begge havene for å hindre Noen Colombianske tropper å gå i land og beskytte opprøret av eidet, gjort ting helle mot diplomati og avverge går til krig Mot Usa

Colombianske Tropper fikk lov til å gå i land, takket Være Utenriksminister, John M. Hay som autorisert dem til å sette foten På Colón, men de fikk ikke lov til å være en Del Av Den Foreløpige Regjeringen Styret å forhandle om devolution av eidet; derfra de brøt Opp Til Washington.i Washington, etter å ha fått vite at hay-Banu-Varilla-avtalen med Panama hadde blitt signert, oppløste Reyes den diplomatiske kommisjonen og ga opp ethvert forsøk på å engasjere seg i militærkonfrontasjon mot Usa; Fra Washington skrev Han:

22. desember. Enhver form for væpnet konfrontasjon med Usa må unngås, ikke okkupere Panamansk territorium. Samles I Panama, 40 krigsdamper. Umiddelbar fare for krig, Medellin, Bogota … forferdelig situasjon.

Reyes tropper ventet På Generalens ordre om å marsjere ned I Panamá.

Delstaten Panama hadde løsrevet Seg fra Colombia den 3. November 1903, under administrasjonen Til President José Manuel Marroquí. De Panamanske troppene, hjulpet av militære rådgivere og tropper fra Usa, hadde erklært sin uavhengighet. Denne handlingen ble støttet Av President Theodore Roosevelt, som hadde uttrykt interesse for å bygge en interoceanic kanal i denne strategiske regionen. Det hadde vært en avtale Mellom Colombia og Usa, Hay–Herrá Traktaten, undertegnet 12.januar 1903, hvor Usa skulle finansiere, lede og overvåke byggingen av kanalen.

i presidentvalget i 1904, som ikke hadde Noen Liberale kandidater, løp Reyes mot En annen konservator; General Joaquí Fernando Vé, som han senere ville slå for en smal forskjell.