Lott ble valgt i Første runde (8.totalt) AV NFL Draft I 1981 av San Francisco 49ers. Ferdighetsnivået demonstrert av 6-fots, 203-pund standout ble umiddelbart anerkjent, og fra begynnelsen av treningsleiren hadde han jobben som 49ers ‘ start venstre cornerback. I sin rookie-sesong i 1981 spilte han inn syv interceptions, hjalp 49ers til å vinne Super Bowl XVI, og ble også den andre rookie i NFLS historie til å returnere tre interceptions for touchdowns. Hans fremragende spill resulterte i at han avsluttet andre for rookie of the year honours, bak New York Giants linebacker Lawrence Taylor.

Lott byttet til sikkerhetsposisjonen i 1985. Han fikk amputert tuppen av den venstre lillefingeren etter 1985-sesongen da Den ble knust mens han taklet running back Timmy Newsome, og en beintransplantasjon ville ikke ha tillatt ham å starte 1986-sesongen. En skade satte ham på sidelinjen for sesongens to siste kamper i 1986, men han ledet fortsatt ligaen med en karriere-best 10 interceptions, mens han spilte inn 77 takler, tre tvunget fumbles og to quarterback sekker. I sine 10 år med 49ers hjalp Lott dem med å vinne åtte divisjonstitler og fire Super Bowls: XVI (1981-sesongen), XIX (1984), XXIII (1988) og XXIV (1989). Han er en av fem spillere som var pa alle fire 1980s 49ers Super Bowl-seire. De andre fire er quarterback Joe Montana, linebacker Keena Turner, cornerback Eric Wright og wide receiver Mike Wilson.etter sin Karriere i San Francisco signerte Lott som friagent i 1991 med Los Angeles Raiders, og I 1993 med New York Jets. I 1991 ledet han ligaen i interceptions (8) for andre gang. Lott signerte en friagentavtale med Kansas City Chiefs i 1995, men ble skadet i preseason. Han kom tilbake til 49ers i 1995, men skadene han hadde lidd de foregående fire sesongene fortsatte å plage ham, og han annonserte sin avgang før sesongen begynte. Han ble valgt inn I Pro Football Hall Of Fame i 2000, sitt første år som kvalifisert, og ble også kåret til NFLS 75-Årsjubileumslag i 1994 og 100-årsjubileumslag i 2019.i sine 14 SESONGER i NFL spilte Lott inn 8,5 sekker og 63 interceptions, som han returnerte for 730 yards og fem touchdowns. Han gjenvunnet 17 fumbles, returnerte dem for 43 yards, og fikk 113 yards på kickoff avkastning. Lott spilte også i 20 postseason spill, opptak ni interceptions, 89 taklinger, en tvunget rote, en rote utvinning, og to touchdowns. I tillegg ble han Kåret Til All-Pro åtte ganger, ALL-NFC seks ganger, Og All-AFC en gang. Utover statistikk hadde Lott en uhyggelig bevissthet om hvordan et spill utviklet seg, noe som tillot ham å bryte opp passerer og tjene et rykte som en av de vanskeligste og mest effektive open-field tacklers i ligaens historie.