Merritt opprettet og spiller hovedroller i band Magnetfeltene, 6ths, De Gotiske Archies og Fremtidige Bibel Helter. Han brukte kort navnet Baudelaire Memorial Orchestra som en attribusjon for en sang skrevet For Lemony Snicket ‘S A Series Of Unfortunate Events, med tittelen «Scream and Run Away». Videre musikk ble spilt inn for lydbokversjonene av serien og tilskrives De Gotiske Archies. The Tragic Treasury ble utgitt Av Nonesuch Records i oktober 2006 sammen med den 13. og siste boken i serien.under sitt eget navn spilte Han inn og ga ut lydsporene Til Filmene Eban Og Charley og Pieces of April. Lydsporet til Nickelodeon viser The Adventures Of Pete & pete inneholdt mange av hans sanger.Han og regissør Chen Shi-Zheng har samarbeidet om tre stykker musikkteater; The Orphan Of Zhao (2003), Peach Blossom Fan (2004) Og My Life as A Fairy Tale (2005). Utvalgte spor fra disse verkene har blitt utgitt På Nonesuch Records under Tittelen Showtunes.I Tillegg er han en tredjedel av det sjeldne, live-only ensemblet The Three Terrors, hvis andre hovedmedlemmer inkluderer 69 Love Songs Dudley Klute og LD Beghtol. Tidligere temaer av disse forestillingene har inkludert fransk popmusikk, filmtemaer (inkludert tittelsangen Fra Deep Throat), intoxication og New York City. Kenny Mellman (av Kiki & Herb), James Jacobs, Daniel Handler, Jon Derosa og andre har opptrådt Med De Tre Terrors på disse sporadiske galla hendelser.Merritt skrev og sang «i’ m in A Lonely Way » i En Tv-reklame for Volvo som ble sendt sommeren og høsten 2007. Han utførte også «Hjulene På Bilen».Merritt skrev musikken og teksten til En Off-Broadway musikal fra 2009 av Coraline, en roman av Neil Gaiman. I MCC Theatre-produksjonen vil hans musikk bli fremført av et piano «orkester» – komplett med et tradisjonelt piano, et leketøyspiano og et forberedt piano (et piano som har fått sin lyd endret ved å feste gjenstander – som tinnfolie, gummibånd og spillekort – til strengene).Han produserte et partitur for stumfilmen 20,000 Leagues Under The Sea som ble fremført på Castro Theatre i San Francisco 4. Mai 2010 som en del Av San Francisco International Film Festival.