I 1999 undersøker Gabriel Logan og Hans partner Lian Xing en rekke biologiske utbrudd utløst av internasjonal terrorist Erich Rhoemer. Når agent Ellis mister kontakten under et Oppdrag I Costa Rica, sender Det topphemmelige Byrået Gabe og Lian for å finne Ham. De oppdager At Ellis er død, Og Rhoemers mistenkte narkotikaoperasjon er et dekke for virusoperasjonen. Et annet utbrudd i Nepal fører til flere spørsmål når en smittet person som burde ha omkommet, overlevde.Før Byrået kan forfølge Rhoemer, angriper Han Washington, DC og truer med å detonere virusbomber spredt over hele byen. Gabe kjemper flere terrorister, inkludert Mara Aramov, som han følger sporet av bomber over byens gater, t-bane, Washington Park og Til Slutt Freedom Memorial hvor han må brenne ammunisjon ekspert Anton Girdeux å stoppe den endelige trusselen. Gabes undersøkelse tar ham til En ny ledelse Fra PharCom, et multinasjonalt farmasøytisk og bioteknologisk selskap ledet Av Jonathan Phagan. Den Costaricanske plantasjen vokste PharCom-forbindelser, noe Som betyr At Phagan og Rhoemer samarbeidet. På Pharcom Exposition Centre, skygger Gabe Phagan til et møte Med Aramov og Edward Benton, en tilsynelatende byrå turncoat som assisterte Rhoemer under Washington DC-angrepet.Etter At Gabe eliminerer Benton, redder Han Phagan fra mord bare for å få ham til å unnslippe. Mara Aramov, nå i varetekt, hadde forsøkt å finne Pharcoms viruslaboratorier. Gabe må legge til side Jakten På Phagan for å ødelegge Rhoemers base i Kasakhstan. Under sitt oppdrag, Rhoemer tilsynelatende dreper Lian, Men Byrået Direktør Thomas Markinson redder Gabe. Markinson gir Gabe en rapport om Viruset Kalt Syphon Filter, et biovåpen som man kan programmere på genetisk nivå for å målrette mot bestemte grupper av mennesker. Markinson beordrer Gabe til å infiltrere Rhoemers høyborg I Ukraina for å injisere testpersoner med en vaksine og lokalisere Phagan, som Nå Er Rhoemers fange. I katakombene, Phagan forteller Gabe At Lian er i live, og de gjenforenes. Lian har blitt smittet Med Syphon Filter, og hun sier det er ingen universell kur.Mara Aramov kommer for å skyte Phagan, men hun overbeviser Gabe Og Lian at hun kom for å hjelpe. De tre reiser til PharCom varehus i håp om å hindre Rhoemer fra å lansere en rakett. Lian avslører at serum Gabe injisert i testpersonene var virkelig en dødelig kjemisk, Og Markinson hadde dem drept. Ved hjelp av kampene Mellom Rhoemers terrorister og Phagans sikkerhetspersonell for å dekke hans innsetting, går Gabe ned i en silo og søker etter missilets detonasjonskoder.

han finner Markinson, som innrømmer At Byrået faktisk var i cahoots med Svart Stafett Hele tiden. Rhoemer jobbet For Markinson, siden sistnevnte ønsket viruset i Byråets besittelse. Han tillot aldri missilangrepet, men Før Han kan stoppe Det, dreper Rhoemer Markinson med et headshot. Gabe må nå missilets kontrollsenter i tide og ødelegge det. Rasende, Rhoemer engasjerer Gabe i en siste kamp, men blir drept med en gassgranat.Deres oppdrag er fullført, Gabe Og Lian ringer I US Army Chemical And Biological Defense Command (CBDC) for å sikre området. De vet ikke hvor langt Markinson samarbeidet Med Rhoemer Og Phagan, Men Gabe mener at de kanskje aldri vet. I en post-kreditter scene, aramov nærmer seg en mystisk mann inne I Byrået hovedkvarter og hvisker noe i øret hans. Han gratulerer henne mens kameraet trekker tilbake for å vise PharCom bokser på kontoret.