DETMER deltok PÅ BYU, hvor han spilte FOR byu Cougars fotballag fra 1987 til 1991. Ved avgjørelsen av hvilke college for å delta, han var delvis tiltrukket AV BYU alkoholfritt miljø. Han redshirted For Cougars i 1987 sesongen, og delte quarterback plikter Med Sean Covey som en redshirt freshman i 1988. Detmer startet bare ett spill det året, men han gjorde mest mulig ut av muligheten, passerer for 333 yards og fem touchdowns i en 65-0 seier Over New Mexico. Senere ble HAN Kåret Til Mest Verdifulle Spiller I 1988 Freedom Bowl, etter å ha kommet inn i spillet som en erstatning og ledet BYU til en come-from-behind 20-17 seier over Colorado Buffaloes.

Detmer ble heltidsstarter i 1989. Han dukket opp som en av de beste quarterbacks i landet, passerer for 4,560 yards og 32 touchdowns i den ordinære sesongen. Hans passer rating på 175,6 ledet NCAA, og han kom på andreplass til Houstons Andre Ware i total offense. HAN ledet BYU til Et Western Athletic Conference (Wac) Mesterskap, lagets første Siden 1985. DETMER avsluttet sesongen med en sterk prestasjon mot Penn State I Holiday Bowl I 1989, og satte NCAA-rekorder for flest pasningsyards (576) og flest pasningsyards (594) i en enkelt bowl-kamp. Han endte på niende plass i Heisman Trophy-avstemningen.

Detmers juniorsesong i 1990 er en av de største sesongene for en quarterback i collegefotballhistorien. Han bestod for 5 188 yards og 41 touchdowns i 12 seriespillkamper, og avsluttet året med 42 NCAA-rekorder (og uavgjort for fem andre). Sesongens høydepunkt var BYUS 28-21 opprørte seier over De topprangerte Miami Hurricanes; Detmer ledet Cougars ved å passere for 406 yards og tre touchdowns mot de forsvarende nasjonale mesterene. For sin prestasjon den sesongen ble han tildelt Heisman Trophy, samt mange andre æresbevisninger, inkludert Maxwell og Davey O ‘ Brien awards. Han ble anerkjent som en konsensus førstelaget All-American, etter å ha blitt kåret til de første lagene I Associated Press, UPI, Newspaper Enterprise Association, Football Writers Association Of America, Walter Camp Foundation, Football News, Scripps Howard, Og Sporting News. Dessverre for DETMER og BYU endte sesongen på en katastrofal måte: Cougars tapte 59-28 i sin siste seriespillkamp mot Hawaii, og tapte 65-14 mot Texas a & M i 1990 Holiday Bowl. Detmer ble slått ut av kampen mot Texas a & M, lider to adskilte skuldre som krevde off-season kirurgi.1991-sesongen startet dårlig FOR BYU, Da Cougars tapte sine tre første kamper (på en nøytral bane mot # 1 Florida State og road konkurranser mot # 23 UCLA og # 12 Penn State). Etter en 0-3 start snudde Detmer og BYU ting rundt. Cougars vant åtte strake kamper, og clinched sin tredje påfølgende WAC championship med en 52-52 uavgjort mot San Diego State i sin siste ordinære sesongen road game. I den konkurransen falt BYU bak 45-17 før Detmer ledet et comeback. Han avsluttet kampen med 599 pasningsyards og seks touchdowns, begge karrierehøyder. I sin siste kamp som En Cougar, passerte Detmer for 350 yards for å lede BYU til en 13-13 slips mot tungt favoriserte # 7 Iowa i 1991 Holiday Bowl. Han utgjorde 4.031 pasningsyards og 35 touchdowns i seriespill i løpet av sitt siste år. Han endte på tredjeplass I Heisman Trophy stemme, men vant Davey O ‘ Brien Award igjen og også tjent Sammy Baugh Trophy Og Dagens Top VI Award. I tillegg ble han igjen anerkjent som en konsensus first-team All-American.detmer avsluttet sin collegekarriere med følgende totalsummer: 1 530 pasningsforsøk; 958 pasningsforsøk; 15 031 pasningsyards; 121 touchdown-pasninger; 14 665 yards med totalt lovbrudd; 135 touchdowns ansvarlig for; og 162,7 passer rating—ALLE NCAA-rekorder på den tiden. Totalt, han avsluttet sin college karriere med 59 NCAA poster og bundet for tre andre. Inkludert statistikk fra bowl spill, detmer samlet 16,206 pasnings yards og 127 touchdown passerer PÅ BYU. Han ble uteksaminert med en bachelorgrad i rekreasjonsadministrasjon. I 2012 ble Detmer innlemmet I College Football Hall Of Fame.