en dag stoppet en kollega ved arbeidsbenken min for å spørre hvilket vaskemiddel som ikke ville bryte kjernemembranen. Basert på min tidligere erfaring med milde vaskemidler i lysisbuffere, svarte jeg, «NP-40». Vi hadde imidlertid to merker AV NP-40. En nærmere titt på databladene viste at de kjemiske navnene var forskjellige, selv om de brukte samme akronym.

Ville Et Vaskemiddel med Noe Annet Navn Lyse Så Søtt?

jeg delte mine kollegers overraskede utseende når vi hadde funnet ut at ikke ALLE NP-40 er like. Men ville det gjøre en forskjell? Generelt kan pattedyrceller lyseres for proteinekstraksjon med buffere som RIPA buffer. VANLIGVIS INNEHOLDER RIPA buffer et ikke-ionisk vaskemiddel SOM NP-40 som vil skille hele organeller. Andre ikke-ioniske vaskemidler tilgjengelig inkluderer Triton X-100, Triton X-114 Og Tween-20. Avhengig av celletype og applikasjon, kan konsentrasjonen av vaskemiddel du bruker (vanligvis 0,1-2 %) føre til at cytoplasmatisk innhold og det nukleare innholdet forurenser hverandre. Hvis målet ditt er å oppdage ditt favorittprotein i Et helt cellelysat Av Western blot, er høyere konsentrasjoner av vaskemiddel gunstige. Imidlertid ønsket min kollega å gjennomføre subcellulære fraksjoneringer, spesielt atomutvinning. Forberedelser av disse prøvene har en tendens til å kreve en mye lavere konsentrasjon av vaskemiddel for å minimere membranforstyrrelser i det første lysisetrinnet.

feilen i mitt svar til min kollega var at jeg ikke tok i betraktning det ønskede resultatet av cellelyse. De ønsket å evaluere lokaliseringen av proteinet, ikke bare for å bestemme overflod av det i hele cellen. Fortsatt … VAR NP-40 riktig vaskemiddel for jobben?

det viser seg at akronymet «NP-40» kan referere til to kjemikalier av følgende iupac navn:

• Octylphenoxypolyethoxyethanol: gatenavn IGEPAL™
• Nonylphenoxypolyethoxyethanol: gatenavn Tergitol™

det er verdt å merke seg at det bare er en forskjell mellom de to kjemikaliene, som er i antall alkylgrupper (i fet). Til tross for dette, og forskjeller i deres gatenavn, sier begge flasker bare «NP-40».

Hva er i Et Navn?

etter å ha forsket på opprinnelsen til det unnvikende begrepet «NP-40», oppdaget jeg at de nåværende kommersielt tilgjengelige np-40-merkene betraktes som erstatninger for Det utgåtte Shell Chemical Company ‘ S Nonidet P-40, som ofte forkortes SOM NP-40. Etter at Shells Nonidet P-40 ble avsluttet, begynte Andre selskaper Som Sigma-Aldrich og PanReac AppliChem å distribuere det som kalles «Nonidet P-40 substitutter». To viktigste varemerkebeskyttede navn dukket opp: Igepal™ og tergitol™ FORDI IGEPAL Og Shells Nonidet P-40 har det kjemiske navnet octylphenoxypolyethoxyethanol, ER IGEPAL det mest kjemisk lik det utgåtte vaskemiddelet.

Med all bakgrunnskunnskapen i arsenalet ditt, er det tilbake til kollegaens spørsmål. Generelt vil subcellulær fraksjonering kreve en vaskemiddelkonsentrasjon på så lite som 0,1% Nonidet P-40 (jeg har sett 0,05% bli rapportert i publikasjoner), og DETTE kan VÆRE IGEPAL, Tergitol eller noen Av De Andre Nonidet P-40-erstatningene. Så, en bedre måte å svare på min kollegas spørsmål ville vært å si, «jeg vil anbefale å starte med 0.1% Nonidet P-40.». Jeg vil også anbefale å dokumentere Merket Nonidet P-40 som hun bestemmer seg for å bruke for reproduserbarhet. Det er empiriske data som noterer de spesifikke merkene. En slik publikasjon hadde tatt seg tid til å sammenligne utbyttet av polymerisert tubulin i buffere som inneholder forskjellige merker Av Nonidet P-40, inkludert det utgåtte merket, for å bestemme vaskemiddelpotensialene. Spoiler alert: De nåværende merkene Av Nonidet P-40 er mer effektive ved isolering av polymerisert tubulin enn det utgåtte merket!

Navn Forvirring: Klandre Det På Kjemikerne!

denne anekdoten minnet meg om et annet eksempel der navnene på laboratoriereagenser kunne boggle sinnet. Fortsetter på temaet cellelyse, hva er forskjellen mellom en protease og proteinase? Som i tilfellet MED «NP-40» har historien bak begrepet «proteinase» bare ført til forvirring i litteraturen. Har du hørt om proteinase K? En populær bruk for proteinase K er I DNA-ekstraksjon. Hvorfor kalles ikke protease K? Ifølge et brev fra Biochemical Journal fra 1986 er» protease » et bredere begrep for spaltning av peptidbindingene, som utgjør ryggraden av proteiner. Imidlertid kan proteaser spalte korte sekundære strukturer / peptider samt tertiære strukturer / proteiner(tenk Biokjemi 101). Derfor oppstod begrepet «proteinase» som en måte å identifisere en protease som spalter tertiære strukturerte proteiner. Imidlertid har dagens laboratorier en tendens til å snakke om proteaser med unntak av for eksempel proteinase K. Du ville være riktig hvis du sa «protease K», men da kan du ha problemer med å finne den i noen inventar.

Så vil den virkelige NP-40 stå opp? Ser Ut Som Eminem ville være på utkikk etter enten det utgåtte Shell Chemical Company-merket Nonidet P-40 eller IGEPAL. For din spesifikke applikasjon vil det imidlertid være verdt å samle mer empiriske data om merket NP-40 som du vil bruke. Personlig foretrekker JEG «NP-40» å bli eliminert fra vårt ordforråd for å bli erstattet av den rettmessige «Nonidet P-40″, men her er vi – » tomat «eller» tomat», antar jeg!

1. Sinka S, Felt JJ, Miller JH (2017). Bruk Av substitute Nonidet P-40 ikke-ioniske vaskemidler i intracellulære tubulinpolymerisasjonsanalyser for screening av mikrotubulimålingsmidler. Celle Biol. 95: 379-384.
2. S. Landbruksdepartementet (2015). Ikke-Fenyletoksylater. Washington, DC: Pesticide Research Institute, USDA Nasjonale Organiske Program. 1986-Barrett AJ, McDonald JK (Engelsk). Nomenklatur: protease, proteinase og peptidase. Biochem J 237: 935.