procedura rozpoczyna się od wykonania lizatu komórkowego z interesujących komórek. Lizat ten zawiera polisomy, monosomy (złożone z jednego rybosomu zamieszkującego mRNA), małe (40S u eukariotów) i duże (60s u eukariotów) podjednostki rybosomalne, „wolne” mRNA i wiele innych rozpuszczalnych składników komórkowych.

procedura jest kontynuowana przez tworzenie ciągłego gradientu sacharozy o stale zmiennej gęstości w probówce wirówki. W zastosowanych stężeniach (15-45% w przykładzie) sacharoza nie zakłóca związku rybosomów i mRNA. 15% część gradientu znajduje się na górze rury, podczas gdy 45% część znajduje się na dole z powodu ich różnej gęstości.

określona ilość (mierzona gęstością optyczną) lizatu jest następnie delikatnie warstwowana na gradiencie w probówce. Lizat, mimo że zawiera dużą ilość rozpuszczalnego materiału, jest znacznie mniej gęsty niż 15% sacharozy, a więc można go przechowywać jako oddzielną warstwę na górze rurki, jeśli jest to wykonywane delikatnie.

w celu oddzielenia składników lizatu preparat poddaje się odwirowywaniu. Przyspiesza to składowe lizatu z wielokrotnie większą siłą grawitacji i w ten sposób napędza je przez gradient oparty na tym, jak „duże” są poszczególne składniki. Małe (40S) podjednostki podróżują mniej daleko w gradiencie niż duże (60s) podjednostki. W latach 80. XX wieku żebra na mRNA podróżują dalej (należy zauważyć, że udział wielkości mRNA w przebytej odległości nie jest znaczący). Polisomy złożone z 2 rybosomów podróżują dalej, polisomy z 3 żebrami podróżują dalej i dalej. „Rozmiar” elementów jest oznaczony przez S, jednostkę svedberga. Zauważ, że jeden S = 10-13 sekund, a pojęcie „duży” jest w rzeczywistości zbyt uproszczeniem.

po odwirowaniu zawartość probówki zbiera się jako frakcje od góry (mniejszy, wolniejszy) do dołu (większy, szybszy) i określa się gęstość optyczną frakcji. Pierwsze usunięte frakcje mają dużą ilość stosunkowo małych cząsteczek, takich jak Trna, pojedyncze białka itp.