de procedure begint met het maken van een cel lysaat van de cellen van belang. Dit lysaat bevat polysomen, monosomen (samengesteld uit één ribosoom die op een mRNA verblijven), de kleine (jaren ’40 in eukaryotes) en grote (jaren’ 60 in eukaryotes) ribosomale subeenheden, “vrije” mRNA en een gastheer van andere oplosbare cellulaire componenten.

de procedure wordt voortgezet door in een centrifugebuis een continue sucrose-gradiënt met continu variabele dichtheid te maken. Bij de gebruikte concentraties (15-45% in het voorbeeld) verstoort sucrose de associatie van ribosomen en mRNA niet. Het 15% gedeelte van de gradiënt bevindt zich aan de bovenkant van de buis, terwijl het 45% gedeelte aan de onderkant ligt vanwege hun verschillende dichtheid.

een specifieke hoeveelheid (gemeten aan de hand van de optische dichtheid) van het lysaat wordt vervolgens voorzichtig bovenop de gradiënt in de buis gelaagd. Het lysaat, hoewel het een grote hoeveelheid oplosbaar materiaal bevat, is veel minder dicht dan 15% sucrose, en dus kan het als een aparte laag aan de bovenkant van de buis worden gehouden als dit voorzichtig gebeurt.

om de bestanddelen van het lysaat te scheiden, wordt het preparaat centrifugeren. Dit versnelt de componenten van het lysaat met vele malen de zwaartekracht en stuwt ze dus door de gradiënt gebaseerd op hoe “groot” de afzonderlijke componenten zijn. De kleine (jaren 40) subeenheden reizen minder ver in de gradiënt dan de grote (jaren 60) subeenheden. De jaren 80 ribsomes op een mRNA reis verder (merk op dat de bijdrage van de grootte van mRNA aan de afgelegde afstand niet significant is). Polysomen samengesteld uit 2 ribosomen reizen verder, polysomen met 3 ribsomen reizen nog verder, en verder en verder. De” grootte ” van de componenten wordt aangeduid door S, de svedberg eenheid. Merk op dat één S = 10-13 seconden, en dat het concept van “groot” eigenlijk een oversimplificatie is.

na centrifugeren wordt de inhoud van de buis verzameld als fracties van boven (kleiner, trager reizen) naar beneden (groter, sneller reizen) en wordt de optische dichtheid van de fracties bepaald. De eerste fracties verwijderd hebben een grote hoeveelheid relatief kleine moleculen, zoals tRNAs, individuele eiwitten, enz.