În prima postare de înțelegere a Filogeniilor, am subliniat câteva terminologii filogenetice de bază folosind o filogenie cu bomboane. Principalul punct fiind că aspectul (aka – topologia) ramurilor și nodurilor a ilustrat modul în care barele de bomboane (aka-taxoni) erau legate între ele pe baza trăsăturilor lor (în acest caz forma sau aroma bomboanelor). Cu toate acestea, este posibil să fi observat o serie de relații false.

de exemplu (figura 3A):
• sunt York Peppermint Patties și Cherry Mash într-adevăr sora taxoni doar pentru că sunt rotunde?
• ce unește arahide și nucă de cocos clade ca taxoni sora?
• în clada de arahide, untul de arahide (cupele de unt de arahide ale lui Reece) este sora arahidelor (PayDay) sau a umpluturii „unt de arahide” (Butterfinger)?
• Care este strămoșul comun între” picături „și” bare plate ” bomboane?

răspunsul este că unele dintre relațiile din arborele original nu au sens. Am forțat taxonii într-un copac complet bifurcat (figura 3A). Cu toate acestea, putem afișa ambiguitate prin faptul că nu forțăm arborele să se bifurce și să permită politomii pe copac (figura 3b). Politomiile pot reprezenta fie incertitudine în date, fie lipsă de informații. Discernerea dacă o politomie reprezintă incertitudine sau lipsă de informații depinde de cercetător și de cunoștințele lor despre sistem și date. Este posibil să poată colecta mai multe date (ex – taxoni suplimentari sau mai multe trăsături de caracter ) pentru a rezolva arborele. Cu toate acestea, unele politomii nu pot fi rezolvate și reflectă pur și simplu incertitudinea pe care cercetătorii trebuie să o ia în considerare pe măsură ce avansează cu analizele lor.

greutatea dată trăsăturilor contribuie la diferența dintre arborii de bifurcare (figura 3a) și politomie (figura 3b). Când a fost luată în considerare forma bomboanelor (figura 3a), grupurile de aromă taxoni lângă vârfuri, dar grupurile de formă se apropie mai mult de rădăcină. Cu toate acestea, atunci când forma nu a fost luată în considerare, grupările s-au făcut doar prin aromă și nu existau date suficiente pentru a bifurca complet arborele lângă rădăcină, deoarece unele clade nu împărtășeau mai multe profiluri de aromă.în timp ce politomiile pot fi frustrante, deoarece toate relațiile dintre taxoni nu sunt descrise, ele sunt o parte foarte reală a construirii și interpretării filogeniilor. Prin urmare, politomiile sunt, de asemenea, o parte reală a interpretării modelelor evolutive. (Puteți vedea multe politomii din Arborele Vieții pe acest site interactiv.)