într-o zi, un coleg s-a oprit la bancul meu de lucru pentru a întreba ce detergent nu ar rupe membrana nucleară. Pe baza experienței mele anterioare folosind detergenți blând în tampoane de liză, am răspuns, „NP-40”. Cu toate acestea, am avut două mărci de NP-40. O privire mai atentă la fișele tehnice a arătat că denumirile chimice erau diferite, chiar dacă foloseau același acronim.

ar fi un Detergent de orice alt nume Lyse la fel de dulce?

am împărtășit privirea surprinsă a colegilor mei odată ce am constatat că nu fiecare NP-40 este la fel. Dar ar face o diferență? În general, celulele mamiferelor pot fi lizate pentru extracția proteinelor cu tampoane, cum ar fi tamponul RIPA. De obicei, tamponul RIPA conține un detergent neionic precum NP-40 care va separa organele întregi. Alți detergenți neionici disponibili includ Triton X-100, Triton X-114 și Tween-20. În funcție de tipul de celulă și de aplicație, concentrația de detergent pe care o utilizați (în general 0,1 – 2%) ar putea duce la contaminarea reciprocă a conținutului citoplasmatic și a conținutului nuclear. Dacă obiectivul dvs. este de a detecta proteina preferată într-un lizat de celule întregi prin Western blot, concentrațiile mai mari de detergent sunt favorabile. Cu toate acestea, colegul meu a vrut să efectueze fracționări subcelulare, în special extracții nucleare. Preparatele acestor probe tind să necesite o concentrație mult mai mică de detergent pentru a minimiza întreruperile membranei în etapa inițială de liză.

eroarea în răspunsul meu la colegul meu a fost că nu am luat în considerare pe deplin rezultatul dorit al lizei celulare. Ei au vrut să evalueze localizarea proteinei, nu doar pentru a determina abundența acesteia în întreaga celulă. Totuși … a fost NP-40 detergentul corect pentru slujbă?

se pare că acronimul „NP-40” se poate referi la două substanțe chimice din următoarele denumiri IUPAC:

• Octilfenoxipolietoxietanol: numele străzii IGEPAL Irak
• Nonilfenoxipolietoxietanol: numele străzii Tergitol Irak

este demn de remarcat faptul că există o singură diferență între cele două substanțe chimice, care este în numărul de grupări alchil (cu caractere aldine). În ciuda acestui fapt, și diferențele în numele străzilor lor, ambele sticle spun pur și simplu „NP-40”.

ce este într-un nume?

după ce am făcut cercetări cu privire la originea termenului evaziv „NP-40”, am descoperit că actualele mărci NP-40 disponibile în comerț sunt considerate înlocuitori ai Nonidet P-40, care este adesea prescurtat ca NP-40. După întreruperea Nonidet P-40 A Shell, alte companii precum Sigma-Aldrich și PanReac AppliChem au început să distribuie ceea ce se numește „înlocuitori Nonidet P-40”. Au apărut două nume principale de marcă comercială: IGEPAL si Tergitol. Deoarece IGEPAL și Shell Nonidet P-40 au denumirea chimică de octilfenoxipolietoxietanol, IGEPAL este cel mai asemănător chimic cu detergentul întrerupt.

cu toate cunoștințele de bază de la arsenalul dvs., este înapoi la întrebarea colegului meu. În general, fracționarea subcelulară va necesita o concentrație de detergent de doar 0,1% Nonidet P-40 (am văzut 0,05% raportat în publicații) și acesta ar putea fi IGEPAL, Tergitol sau oricare dintre ceilalți înlocuitori Nonidet P-40. Deci, o modalitate mai bună de a răspunde la întrebarea colegului meu ar fi fost să spun: „aș recomanda să începeți cu 0,1% Nonidet P-40.”. Aș recomanda, de asemenea, documentarea mărcii Nonidet P-40 pe care decide să o utilizeze în scopuri de reproductibilitate. Există date empirice care notează mărcile specifice. O astfel de publicație a luat timp pentru a compara randamentele tubulinei polimerizate în tampoane care conțin diferite mărci de Nonidet P-40, inclusiv marca întreruptă, pentru a determina potențele detergenților. Alertă Spoiler: mărcile actuale de Nonidet P-40 sunt mai eficiente în izolarea tubulinei polimerizate decât marca întreruptă!

confuzie nume: vina pe chimiști!

această anecdotă mi-a amintit de un alt exemplu în care numele reactivilor de laborator ar putea încurca mintea. Continuând pe tema lizei celulare, care este diferența dintre o protează și proteinază? Ca și în cazul „NP-40”, povestea din spatele termenului „proteinază” a dus doar la confuzie în literatură. Ai auzit de proteinaza K? O utilizare populară pentru proteinaza K este în extracția ADN-ului. De ce nu se numește protează K? Potrivit unei scrisori din 1986 a Biochemical Journal,” proteaza ” este un termen mai larg pentru scindarea legăturilor peptidice, care alcătuiesc coloana vertebrală a proteinelor. Cu toate acestea, proteazele pot scinda structuri/peptide secundare scurte, precum și structuri/proteine terțiare (gândiți-vă la biochimie 101). Prin urmare, termenul „proteinază” a apărut ca o modalitate de a identifica o protează care scindează proteinele structurate terțiar. Cu toate acestea, laboratoarele actuale tind să vorbească despre proteaze, cu excepția, de exemplu, a proteinazei K. Ați fi corect dacă ați spune „protează K”, dar atunci este posibil să aveți dificultăți în găsirea acesteia în orice inventar.

deci, adevăratul NP-40 se va ridica? Se pare că Eminem ar căuta fie marca întreruptă a companiei chimice Shell Nonidet P-40, fie IGEPAL. Cu toate acestea, pentru aplicația dvs. specifică, ar merita să colectați mai multe date empirice despre marca NP-40 pe care doriți să o utilizați. Personal, aș prefera ca” NP-40 „să fie eliminat din vocabularul nostru pentru a fi înlocuit cu” Nonidet P-40 „de drept, Dar iată – ne -” roșii „sau” roșii”, cred!

1. Sinka S, câmp JJ, Miller JH (2017). Utilizarea detergenților neionici înlocuitori Nonidet P-40 în testele de polimerizare intracelulară a tubulinei pentru depistarea agenților de direcționare a microtubulilor. Biol Celular. 95: 379-384.
2. S. Departamentul Agriculturii (2015). Nonfenil Etoxilați. Washington, D. C.: Institutul de cercetare a pesticidelor, Programul Național organic USDA.
3. Barrett AJ, McDonald JK (1986). Nomenclatură: protează, proteinază și peptidază. Biochem J 237: 935.