Henry Highland Garnet s-a născut pe 23 decembrie 1815, în New Markey, Maryland. Părinții săi, George și Henrietta, erau sclavi la momentul nașterii sale. Bunicul său fusese adus în Statele Unite pe o navă de sclavi cu câțiva ani mai devreme. Tatăl lui Garnet, George, a fost un om de rugăciune care a avut o mare influență asupra convingerilor religioase puternice ale lui Garnet mai târziu în viață. Familia a fugit din sclavie în 1824 prin intermediul căii ferate subterane. După ce s-a stabilit pentru o scurtă perioadă în New Hope în Bucks County, Pennsylvania, George și-a găsit de lucru ca cizmar în New York, unde familia s-a stabilit în cele din urmă. În acest moment, în 1826, George a schimbat numele de familie în „granat” ca semn al noii lor vieți după sclavie. Ca băiat, Garnet a călătorit în Cuba și Washington, DC, lucrând ca punte pe o goeletă, o navă de navigație comercială. Când s-a întors, a plecat la Long Island pentru a lucra ca fermier timp de doi ani.în 1831, Garnet și-a început studiile la Liceul pentru tineri de culoare din New York. Doi ani mai târziu, Garnet a fost botezat de Theodore Sedgwick Wright, pastor al Primei Biserici Presbiteriene colorate. În timp ce participa la Academia Noyes în Canaan, New Hampshire, Garnet a cunoscut-o pe Julia Williams. S-au căsătorit în 1841 și au avut trei copii, dintre care doar unul a supraviețuit până la maturitate. Cuplul s-a mutat la Troy, New York, unde a studiat religia și teologia cu Nathan Beman, un nou cleric școlar.în 1841, Garnet a fost hirotonit pastor al bisericii presbiteriene Liberty Street și a devenit un puternic susținător al abolirii sclaviei. S-a alăturat Societății Americane și străine anti-sclavie și a început să țină discursuri împotriva sclaviei în tot nord-estul. În 1843, Garnet a ținut un discurs emoționant la Convenția Națională a negrilor din Buffalo, New York. El i-a îndemnat pe sclavi să se elibereze prin orice mijloace posibile. Discursul său, adresat sclavilor din Statele Unite ale Americii (1843), a mișcat oamenii până la lacrimi. Cu toate acestea, ideile radicale ale lui Garnet s-au opus activiștilor mai conservatori precum Frederick Douglass.

în 1850, Garnet a călătorit în Marea Britanie pentru a ține prelegeri împotriva sclaviei. În timp ce era acolo, a condus un boicot al producției de bumbac. În 1852, Garnet a fost trimis în Jamaica ca misionar pentru Biserica Presbiteriană Unită din Scoția. După ce s-a îmbolnăvit în 1855, a fost forțat să se întoarcă la New York, unde a devenit pastor al bisericii presbiteriene Shiloh. În 1861, Garnet s-a întors în Anglia pentru o scurtă perioadă de timp pentru a reprezenta societatea civilizației africane, dar s-a întors când a izbucnit Războiul Civil American. El a recrutat negri liberi pentru a lupta pentru Nord și a strâns mâncare, îmbrăcăminte și alte facilități pentru a le face viața de soldați mai suportabilă.în 1864, Garnet a devenit pastor al bisericii presbiteriene Fifteenth Street din Washington, DC. El a continuat să vorbească împotriva sclaviei și a fost primul American negru care a predicat o predică Camerei Reprezentanților din Capitol. În 1868, Garnet s-a mutat pe Canal Street în Allegheny City, Pittsburgh, unde a ocupat funcția de președinte al Avery College, o școală de educație religioasă pentru afro-americani. În timp ce se afla în Pittsburgh, Garnet a înființat Biserica Memorială Grace, prima biserică pentru comunitatea presbiteriană neagră din Pittsburgh. S-a întors la Biserica Presbiteriană Shiloh în 1870. În 1881, Președintele Garfield l-a numit pe Garnet ministru (funcția este acum Ambasador) și Consul General La Liberia, Africa de vest.soția lui Garnet, Julia, a murit în 1870. În 1879, s-a căsătorit cu Sarah Smith Tompkins, care era un proeminent profesor și director de școală din New York. După ce s-a mutat în Liberia în decembrie 1881, Garnet s-a îmbolnăvit. Două luni mai târziu, a murit la 13 februarie 1882, la Monrovia. Fiica sa, doamna M. H. Garnet-Barboza, a ajutat la organizarea unei școli în memoria tatălui ei în Brewersville, Liberia. Oamenii din Pittsburgh sărbătoresc o „Henry Highland Garnet Day” în fiecare Februarie în memoria muncii pe care a făcut-o în orașul lor.