Insulele Swan au fost descoperite de Cristofor Columb în 1502 și numit Islas de las Pozas. În secolul al 18-lea, au fost redenumite Insulele Swan, după căpitanul Swan, căpitanul Cygnet, pe care pirații l-au capturat și forțat să li se alăture.

antreprenorii americani au început să exporte guano ca îngrășământ în anii 1840. „Atlantic and Pacific Guano Company”, cu sediul în New York, a fost înființată în anii 1840 și a început să exporte îngrășăminte, pe baza guano colectate pe Insulele Swan. În 1856, se pare că Statele Unite au revendicat Insulele. În aprilie 1857, John Valentine White a revendicat Insulele, în virtutea Legea Insulelor Guano; mai târziu în acel an, a transferat toate dobânzile pentru aceste insule către Charles Sterns, Joseph W. Fabens, și Duff Green. Messers Sterns, Fabens și Green au încorporat Atlantic and Pacific Guano Company, care a emis 50.000 de acțiuni la un preț de 100 USD fiecare pentru o capitalizare totală de 5.000.000 USD în 1858. Compania a emis chiar monedă, semnată de William H. Whitfield, în denumiri de 25 de cenți, 50 de cenți și un dolar la 1 iunie 1867, pentru a facilita comerțul pe insule.ulterior, o companie chimică a cumpărat Insulele, dar a devenit insolvabilă. Căpitanul Alonzo Adams a navigat acolo în 1893 și a intrat în posesia insulelor; în 1904, a atribuit proprietatea Companiei comerciale Swan Island. Acea companie a închiriat o parte din Insula great Swan către United Fruit Company, care a crescut coconut palms și a înființat o stație de releu radio fără fir pentru deservirea flotei lor din Caraibe, dar în cele din urmă a abandonat contractul de închiriere. Compania comercială Swan Island a furnizat date de monitorizare a uraganelor din 1928 până în 1932. Biroul Meteorologic al SUA a condus o stație meteo de uragan pe Great Swan începând cu 1938, dar a echipat-o doar în timpul sezoanelor de uragan.în timpul celui de-al Doilea Război Mondial, atât Marina SUA, cât și Biroul Meteorologic al SUA au staționat personal pe insulă. La sfârșitul anilor 1940 până în 1949, Insula Swan a devenit un Departamentul Agriculturii din SUA carantină pentru animale stație pentru importul de carne de vită. În 1914, ceea ce este acum Serviciul Național meteorologic (NWS) și, mai târziu, Agenția Federală a Aviației (FAA) a înființat active meteorologice și de comunicare pe Swan pentru a sprijini serviciile aeronautice și activitățile de predicție a uraganelor. FAA a părăsit insula Swan în anii 1960, lăsând NWS toate activele și responsabilitățile. Honduras a revendicat aceste insule din 1923, afirmând că, deoarece Columb a descoperit insulele în timp ce naviga spre Spania, acestea ar trebui să fie deținute de cea mai apropiată țară vorbitoare de spaniolă. Atât Statele Unite, cât și Honduras au revendicat Insulele Swan până când Statele Unite au renunțat la revendicarea sa în temeiul Legii Insulelor Guano. Un tratat a fost semnat la 22 noiembrie 1971, iar titlul clar de Honduras a intrat în vigoare la 1 septembrie 1972. Proprietatea insulei a fost mult timp în dispută. Familia Sumner Smith și-a menținut întotdeauna dreptul de proprietate și, aparent, a avut unele picioare în U.S. instanțe. Cu toate acestea, guvernul American a ales să renunțe la pretenția sa în ciuda acestei poziții (ref. D S Platt, și colab., NOAA-NWS). Insulele au câștigat notorietate la începutul anilor 1960 din activitățile Radio Swan, care a început să difuzeze în mai 1960 în timpul pregătirii și, mai târziu, a desfășurării Golful Porcilor invazia Cubei. Stația a fost scoasă din insule la sfârșitul anilor 1960, transmițătorul său principal fiind apoi transferat pentru utilizare în Războiul din Vietnam.

în 1965, Poliția din Bellaire, Texas, a interogat un fost elev de liceu Bellaire despre rolul său într-o „armată” adolescentă dedicată eliberării „țărilor oprimate”, a raportat Houston Chronicle. Grupul, numit Kononiers, exista de aproximativ cinci ani, a declarat studentul ziarului și a fost înarmat printr-o serie de spargeri ale magazinului de arme Deep River. Armele au fost duse în zona rezervorului addicts, unde s-au antrenat pentru luptă. Tinerii se antrenau pentru” operațiunea eliberare Insula Lebedelor ” în largul Hondurasului.

în 1987, Los Angeles Times a raportat că CIA și alte agenții guvernamentale americane au avut o instalație de instruire sub acoperire pe insula Swan pentru Contras Nicaraguan. În 1989, președintele Hondurasului, Rafael Leonardo Callejas, a declarat Insula un refugiu protejat pentru animale sălbatice.

în octombrie 1998, Uraganul Mitch s-a deplasat prin zonă cu vânturi de 290 km / h (180 mph).

în 2001, Swan Island Development, LLC, Din Brooksville, Florida, a anunțat planurile de a dezvolta Insulele Swan până în 2010, în parteneriat cu Guvernul din Honduras. Au fost prevăzute proprietăți imobiliare și hoteluri de lux, evaluate la cinci miliarde de dolari, cu un oraș principal numit Cygnet. În 2004, Swan Island Development a anunțat, de asemenea, planuri de înființare a unui centru de cercetare a celulelor stem umane. Începând cu 2021, niciuna dintre acestea nu a avut loc.