Aspergillus și Candida spp sunt cele mai frecvent izolate ciuperci la pacienții cu otomicoză. Diagnosticul otitei externe se bazează pe istoricul pacientului, examinarea otoscopică sub control microscopic și studiile imagistice. Pregătirea directă a specimenelor, în special cu înălbitori optici, cultură micologică și examen histologic, este foarte importantă și recomandată pentru diagnosticul corect. Pacienții cu otită externă fungică neinvazivă trebuie tratați cu o creștere intensă și curățare și antifungice topice. Antifungicele topice, cum ar fi clotrimazolul, miconazolul, bifonazolul, ciclopiroxolamina și tolnaftatul, sunt alegeri potențial sigure pentru tratamentul otomicozei, în special la pacienții cu timpan perforat. Medicamentele triazolice orale, itraconazolul, voriconazolul și posaconazolul sunt eficiente împotriva Candida și Aspergillus, cu o bună penetrare a osului și a sistemului nervos central. Aceste medicamente sunt esențiale în tratamentul pacienților cu otită externă fungică malignă complicată de mastoidită și meningită.