Profilarea polisomului
procedura începe prin a face un lizat celular al celulelor de interes. Acest lizat conține polizomi, monozomi (compuși dintr-un ribozom care locuiește pe un ARNm), mici (40S în eucariote) și mari (60S în eucariote) subunități ribozomale, ARNm „liber” și o serie de alte componente celulare solubile.
procedura continuă prin realizarea unui gradient continuu de zaharoză cu densitate variabilă continuă într-un tub de centrifugă. La concentrațiile utilizate (15-45% în exemplu), zaharoza nu perturbă asocierea ribozomilor și ARNm. Porțiunea de 15% a gradientului se află în partea de sus a tubului, în timp ce porțiunea de 45% se află în partea de jos datorită densității lor diferite.
o cantitate specifică (măsurată prin densitatea optică) de lizat este apoi stratificată ușor deasupra gradientului din tub. Lizatul, chiar dacă conține o cantitate mare de material solubil, este mult mai puțin dens decât 15% zaharoză și, prin urmare, poate fi păstrat ca un strat separat în partea superioară a tubului dacă acest lucru se face ușor.
pentru a separa componentele lizatului, preparatul este supus centrifugării. Acest lucru accelerează componentele lizatului cu de multe ori forța gravitației și astfel le propulsează prin gradient pe baza cât de „mari” sunt componentele individuale. Subunitățile mici (40) călătoresc mai puțin în gradient decât subunitățile mari (60). Ribozomii anilor 80 pe un ARNm călătoresc mai departe (rețineți că contribuția mărimii ARNm la distanța parcursă nu este semnificativă). Polizomii compuși din 2 ribozomi călătoresc mai departe, polizomii cu 3 ribozomi călătoresc mai departe și mai departe. „Dimensiunea” componentelor este desemnată de s, unitatea svedberg. Rețineți că unul S = 10-13 secunde și că conceptul de „mare” este de fapt o simplificare excesivă.
gradient de zaharoză și imunoblot
după centrifugare, conținutul tubului este colectat sub formă de fracții de sus (mai mici, cu deplasare mai lentă) până jos (cu deplasare mai mare, mai rapidă) și se determină densitatea optică a fracțiilor. Primele fracții eliminate au o cantitate mare de molecule relativ mici, cum ar fi tRNAs, proteine individuale etc.