în 1885, după căderea întreprinderii sale, Reyes, în vârstă de 35 de ani, s-a alăturat armatei pentru a lupta în Războiul Civil din 1885 și, datorită curajului și abilității sale în război, a fost promovat la General, la scurt timp după aceea. Chiar în mijlocul războiului, președintele Rafael nu i-a dat responsabilitatea de a conduce operațiuni pentru a cuceri înapoi Panama ca parte a teritoriului columbian; misiunea era inițial sub comanda generalului diviziei, Gral. Miguel Montoya, dar Reyes era la comandă. O operațiune maritimă a fost declanșată de la Buenaventura la Panama, în care Reyes a trebuit să recupereze un ponton vechi din coroziune pentru a compensa lipsa navelor din flota sa și pentru a-și putea muta trupele; feat cunoscut sub numele de „aventura pontonului”. Când expediția a ajuns în Panam, au restabilit Autoritatea civilă și militară, iar câteva zile mai târziu toată prezența forței SUA a părăsit Istmul. După ce rebelul panamez Azpurr Oqusta s-a predat în fața lor, Reyes a prezidat un consiliu de război vorbit care a dus la executarea lui Antoine Petricelli din Haiti și Jamaicanul George Davis, alias „Cocobolo”, ambii responsabili pentru conflagrația col.

Pedro presta, de asemenea, acuzat de col., conflagrația Panama, a fost spânzurat pe 18 August, la trei luni după un consiliu de război condus de Pedro nel Ospina; cu toate acestea, toată responsabilitatea a căzut asupra lui Reyes. Între timp, președintele Rafael nu a lucrat la înființarea unei organizații ferme și centralizate în stat.

odată cu înfrângerea liberalilor radicali și ascensiunea la putere de către Partidul Conservator care a căutat o nouă constituție centralizată a legilor, Constituția din 1863 a fost abolită și condusă de președintele Rafael nu la Constituția din 1886, care va fi în regulă pentru următoarea sută de ani. La 11 noiembrie 1885, când a fost înființată Adunarea Constituantă Națională, Reyes a obținut un loc, cu toate acestea, participarea sa la Magna Carta a fost oarecum nefericită, datorită faptului că Miguel Antonio Caro s-a opus majorității moțiunilor sale.

în 1887, guvernul I-a dat lui Reyes o „sarcină confidențială” în Europa: să obțină unele credite și împrumuturi; sarcină care nu a reușit, totuși, la întoarcerea sa, nu il numit ministru al dezvoltării. În 1888 s-a întors la activitățile sale personale și a cumpărat ferma Andorra, din apropiere Tocaima, unde agricultura i-a redat averea pierdută anterior. În 1890 a fost ales senator și a candidat la vicepreședinția Columbiei în 1892, dar a pierdut în sondaje. Cinci ani mai târziu a luat parte la Războiul Civil din 1895, iar mai târziu în acel an, a fost numit ministru guvernamental de către președinte Miguel Antonio Caro, în ciuda unei vechi dușmănii între ei care s-a întors pe vremea Adunării Constituante.

în 1896, în zilele în care Reyes avea șanse să fie candidat la președinție, Caro a decis să-l trimită la Paris ca ambasador al Columbiei, ceea ce l-a ținut departe de cursa prezidențială în alegerile prezidențiale din 1898; și, de asemenea, interferând cu implicarea sa în Războiul Războiului de o mie de zile.

din 1902 Reyes a trăit în Mexic în timp ce aranja și aranja totul pentru alegerile prezidențiale din 1904.

în 1904, jos Manuel Marroqu președintele l-au dat sarcina de a pune împreună o armată de o sută de mii de voluntari pentru a lupta și de a câștiga înapoi Panam XV. Trei generali au fost alături de el în această misiune: Pedro nel Ospina, Lucas Caballero și Jorge Holgu Inktokn.

datorită informațiilor de informații care sosesc la Bogota cu privire la mișcarea și amenajarea noilor nave de luptă ale SUA în Pacific și Caraibe, abordarea Columbiei s-a îndepărtat de beligeranță la un mod mai diplomatic de a face lucrurile; faptul că Mayflower, nava amiral nord-americană a Atlanticului și alte zece nave păzeau ambele oceane pentru a împiedica orice trupe columbiene să debarce și să protejeze Rebeliunea istmului, a făcut lucrurile să se aplece spre diplomație și să evite să meargă la război împotriva SUA.

trupele columbiene au fost lăsate să debarce, datorită Secretarului de stat, John M. Hay, care le-a autorizat să pună piciorul la Col.la Washington.la Washington, după ce a aflat că a fost semnat Tratatul Hay-Banu-Varilla cu Panama, Reyes a dizolvat Comisia diplomatică și a renunțat la orice efort de a se angaja într-o confruntare militară împotriva Statelor Unite; de la Washington, el a scris:

22 decembrie. Orice tip de confruntare armată cu SUA trebuie evitată, nu ocupă teritoriul panamez. Adunați-vă în Panama, 40 de vapori de război. Risc iminent de război, Medellin, Bogota … situație teribilă.

trupele lui Reyes au așteptat ordinele generalului de a mărșălui în Panam.

statul Panama s-a separat de Columbia la 3 noiembrie 1903, în timpul administrației președintelui jos, Manuel Marroqu. Trupele Panameze, ajutate de consilieri militari și trupe din Statele Unite ale Americii, și-au declarat independența. Această acțiune a fost susținută de președintele Theodore Roosevelt, care și-a exprimat interesul pentru construirea unui canal interoceanic în această regiune strategică. A existat un tratat între Columbia și Statele Unite ale Americii, Tratatul hay–Herr, semnat la 12 ianuarie 1903, prin care Statele Unite vor finanța, direcționa și supraveghea construcția canalului.

în cursa prezidențială din 1904, care nu a avut candidați liberali, Reyes a candidat împotriva unui alt conservator; General Joaquin Fernando V Okticlez, căruia îi va bate mai târziu pentru o diferență restrânsă.