în 2015, Eggers și-a făcut debutul regizoral cu filmul de groază Vrăjitoarea, bazat pe propriul scenariu. Filmul a avut premiera la Festivalul de Film Sundance 2015 pe 27 ianuarie 2015. A24 a achiziționat filmul și l-a lansat teatral pe 19 februarie 2016. Recepția critică a fost în mare parte pozitivă, iar filmul a câștigat peste 40 de milioane de dolari împotriva unui buget de 4 milioane de dolari. Filmul său de urmărire, fantezia de groază Farul (2019), de asemenea, o piesă de epocă, a fost apreciată de critici. Eggers a regizat filmul și a co-scris scenariul împreună cu fratele său Max Eggers.

în iulie 2015, s-a raportat că Eggers va scrie și regiza un remake al filmului mut Nosferatu din 1922, bazat pe mitologia Dracula. Filmul va fi produs de Jay Van Hoy și Lars Knudsen pentru Studio 8. În noiembrie 2016, Eggers și-a exprimat surprinderea că remake-ul Nosferatu urma să fie al doilea său film, spunând „se simte urât și blasfem și Egomaniac și dezgustător pentru un regizor în locul meu să facă „Nosferatu” în continuare. Am fost într-adevăr de planificare pe așteptare un timp, dar asta e modul în care soarta zguduit.”Eggers a regizat anterior performanța liceului său a piesei Nosferatu și a fost angajat să regizeze o versiune profesională a piesei datorită muncii sale. Eggers a creditat acest lucru drept evenimentul care l-a inspirat să urmeze o carieră în cinematografie. De atunci, filmul a fost pus în așteptare.

Eggers dezvoltă în prezent un film „epic medieval” numit The Northman cu Nicole Kidman, BJ Oktocrk, Willem Dafoe, Anya Taylor-Joy, Alexander Skarsg Oktocrd și Ethan Hawke și o miniserie bazată pe viața lui Rasputin.