Lott a fost selectat în prima rundă (a 8-A generală) a Draftului NFL din 1981 de către San Francisco 49ers. Nivelul de calificare demonstrat de standout-ul de 6 picioare, 203 de lire sterline a fost recunoscut instantaneu, iar încă de la începutul taberei de antrenament a avut slujba ca fundaș stânga de start al celor 49ers. În sezonul său debutant din 1981, a înregistrat șapte interceptări, i-a ajutat pe 49ers să câștige Super Bowl XVI și, de asemenea, a devenit doar al doilea debutant din istoria NFL care a returnat trei interceptări pentru touchdown-uri. Jocul său remarcabil a dus la terminarea celui de-al doilea pentru onorurile rookie of the year, în spatele linebacker-ului New York Giants Lawrence Taylor.

Lott a trecut la poziția de siguranță în 1985. I s-a amputat vârful degetului stâng stâng după sezonul 1985, când a fost zdrobit în timp ce se ocupa de alergarea înapoi Timmy Newsome, iar o operație de grefă osoasă nu i-ar fi permis să înceapă sezonul 1986. O accidentare l-a marginalizat pentru ultimele două jocuri ale sezonului în 1986, dar a condus în continuare liga cu cele mai bune 10 interceptări din carieră, în timp ce înregistra 77 de abordări, trei bătăi forțate și două saci de fundaș. În cei 10 ani cu 49ers, Lott i-a ajutat să câștige opt titluri de divizie și patru Super Bowl-uri: XVI (sezonul 1981), XIX (1984), XXIII (1988) și XXIV (1989). El este unul dintre cei cinci jucători care au fost pe toate cele patru 1980 49ers Super Bowl câștigă. Ceilalți patru sunt fundașul Joe Montana, fundașul Keena Turner, fundașul Eric Wright și receptorul larg Mike Wilson.

După cariera sa la San Francisco, Lott a semnat ca agent liber în 1991 cu Los Angeles Raiders, iar în 1993 cu New York Jets. În 1991, a condus liga în interceptări (8) pentru a doua oară. Lott a semnat un acord de agent liber cu Kansas City Chiefs în 1995, dar a fost rănit în pre-sezon. S-a întors la 49ers în 1995, dar rănile pe care le suferise în ultimele patru sezoane au continuat să-l afecteze și și-a anunțat retragerea înainte de începerea sezonului. A fost ales în Pro Football Hall of Fame în 2000, primul său an de eligibilitate și a fost, de asemenea, numit în echipa de 75 de ani a NFL în 1994 și echipa de 100 de ani în 2019.

în cele 14 sezoane NFL, Lott a înregistrat 8,5 saci și 63 de interceptări, pe care le-a returnat pentru 730 de metri și cinci touchdown-uri. El a recuperat 17 bâjbâie, le-a returnat pentru 43 de metri și a câștigat 113 metri la întoarcerea la început. Lott a jucat, de asemenea, în 20 de jocuri de post-sezon, înregistrând nouă interceptări, 89 de abordări, un fumble forțat, o recuperare fumble și două touchdown-uri. În plus, a fost numit All-Pro de opt ori, All-NFC de șase ori și All-AFC o dată. Dincolo de statistici, Lott avea o conștientizare neobișnuită a modului în care se dezvolta o piesă, ceea ce i-a permis să rupă pase și să câștige reputația de unul dintre cei mai grei și mai eficienți abordatori în câmp deschis din istoria Ligii.