primul lungmetraj al lui Baker a fost Four Letter Words, un film care se învârte în jurul privirilor, vederilor, atitudinilor și limbajului tinerilor din America. Baker a scris, regizat și editat filmul. Baker a continuat apoi să facă scoate, pe care l-a co-scris, co-regizat, co-editat și coprodus cu Shih-Ching Tsou. Filmul se învârte în jurul unui imigrant ilegal chinez care rămâne în urmă cu privire la plățile pe o datorie de contrabandă, lăsându-l doar o zi să vină cu banii. Filmul a avut premiera mondială la Festivalul de film Slamdance pe 18 ianuarie 2004, dar nu a primit o lansare limitată până la 6 iunie 2008. Al treilea lungmetraj al lui Baker, Prince of Broadway, a avut premiera la Festivalul de Film din Los Angeles pe 22 iunie 2008. Filmul urmărește un hustler de stradă din New York, care își câștigă existența creând nume de brand knock off-uri și descoperirea lui că are un fiu. Baker a regizat, a scris, a coprodus, a filmat și a editat filmul, care a primit o lansare limitată pe 3 septembrie 2010. Take Out și Prince of Broadway au fost nominalizați la Premiul Independent Spirit John Cassavetes la aceeași ceremonie din 2008.cel de-al patrulea lungmetraj al lui Baker, Starlet, a fost scris împreună cu Chris Bergoch, iar în rolurile principale joacă Dree Hemingway și Besedka Johnson. Starlet explorează prietenia improbabilă dintre Jane (Hemingway), în vârstă de 21 de ani, și Sadie (Johnson), în vârstă de 85 de ani, două femei ale căror vieți se intersectează în Valea San Fernando din California. Filmul a avut premiera mondială la SXSW pe 11 martie 2012 și a primit o lansare limitată pe 9 noiembrie 2012. S-a deschis în principal recenziilor pozitive și deține un rating de 88% pe Rotten Tomatoes.cea de-a cincea caracteristică a lui Baker, Tangerine, urmărește un lucrător sexual transgender care descoperă că iubitul ei și proxenetul au înșelat-o. Filmul a fost filmat folosind trei smartphone-uri iPhone 5S și a primit laude pentru tehnicile sale inovatoare de filmare. Tangerine prezintă Kitana Kiki Rodriguez, Mya Taylor, Karren Karagulian, Mickey O ‘ Hagan, și James Ransone, și a fost produs executiv de Mark Duplass și Jay Duplass. Baker a co-scris din nou scenariul cu Bergoch; de asemenea, a coprodus, a co-filmat și a editat filmul. A avut premiera mondială la Festivalul de Film Sundance 2015 pe 23 ianuarie 2015 și a primit o lansare limitată pe 10 iulie 2015. A primit recenzii extrem de pozitive și deține în prezent un rating de 97% la Rotten Tomatoes.al șaselea lungmetraj al lui Baker, The Florida Project, a avut premiera în secțiunea Directors’ Fortnight a Festivalului de Film de la Cannes din 2017 și a fost lansat teatral în Statele Unite pe 6 octombrie 2017, de A24. Încă o dată, Baker a editat el însuși filmul și a co-scris scenariul împreună cu colaboratorul său frecvent Chris Bergoch. Intriga Urmărește o fetiță de 6 ani care trăiește într-un motel cu mama ei rebelă din Greater Orlando, în timp ce încearcă să stea departe de necazuri și să se întâlnească. Filmul a fost lăudat pentru performanțele sale (în special cele ale lui Willem Dafoe ca manager de motel) și regia lui Baker și a fost ales atât de Consiliul Național de revizuire, cât și de Institutul American de Film ca unul dintre primele 10 filme ale anului. Dafoe a câștigat nominalizări pentru cel mai bun Actor în rol secundar la Premiile Oscar, Globurile de aur și BAFTA.

în Noiembrie 2020, s-a anunțat că producția celui de-al șaptelea lungmetraj al lui Baker era aproape terminată. Red Rocket va juca rolul lui Simon Rex și este stabilit în Texas. Baker a regizat, a co-scris și a coprodus filmul împreună cu echipa sa obișnuită de Bergoch și Tsou, printre alții. Filmările au avut loc în secret în mijlocul pandemiei COVID-19, dar au fost observate „protocoale de siguranță standard în industrie”. Detaliile complotului continuă să fie păstrate secrete.

Baker este, de asemenea, unul dintre creatorii originali ai sitcom-ului Greg The Bunny, cu Seth Green și Eugene Levy în rolurile principale. Spectacolul se bazează pe o serie de segmente scurte pe care Baker le-a regizat și scris, care au fost difuzate pe canalul Independent de Film și care au fost la rândul lor bazate pe o emisiune de televiziune cu acces public numită Junktape. În 2010, Baker, Spencer Chinoy și Dan Milano au creat un spinoff numit Warren The Ape; seria a fost difuzată pe MTV și a fost anulată după un sezon.