Ralph a fost subiectul unei lupte de recrutare spirit, o consecință firească a abilităților sale care să conducă la jucător național de liceu al anului onoruri. Multe programe au urmărit-o, dar două școli păreau să aibă șanse mai bune decât Connecticut. Mama lui Ralph, Marsha (Mann) Lake, a fost un jucător de baschet american pentru Universitatea din Carolina de Nord. Programul Carolina de Nord a fost unul dintre cele mai bune programe din țară. Ralph a fost crescut în Carolina de Nord și numele ei a fost un „cuvânt de uz casnic, deoarece ea a fost unsprezece ani”. Un alt program premier, Universitatea din Tennessee, a fost, de asemenea, foarte interesat de Ralph. Antrenorul principal al Tennessee, Pat Summitt, a fost bun prieten cu Marsha, atât de mulți au simțit că una dintre aceste două școli ar avea pista interioară.

Ralph l-a sunat pe Geno Auriemma, antrenorul din Connecticut, pentru a întreba ce fel de rol și-a imaginat pentru ea la UConn. Nu este neobișnuit ca antrenorii să promită poziții de plecare și un număr minim de minute de joc pentru recruții extrem de promițători. Cu toate acestea, Auriemma a răspuns: „nu știu. Dacă ești foarte, foarte bun, atunci vei avea șansa să joci mult. Dar dacă ești nașpa, nu vei juca deloc.”La scurt timp după aceea, a făcut o vizită de recrutare la UConn și i-a spus antrenorului că este gata să se angajeze în Connecticut. Ea a continuat să aibă un sezon senior mare în liceu. După ce a câștigat Premiul SUA Player of the Year, a fost intervievată de USA Today, care a întrebat despre decizia ei de recrutare. Ea a explicat: „antrenorul Auriemma a fost singurul antrenor care mi-a spus că dacă aș fi foarte bun aș juca mult și dacă aș suge nu aș juca. Auriemma a citit citatul din ziar și „aproape de pe scaun”. El a sunat – o să spună, ” Doamne, Shea. Trebuia să spui asta în ziar?”.

Ralph a participat la Universitatea din Connecticut din 1996 până în 2001, purtând uniforma numărul 33 și absolvind un B. A. în fiziologia exercițiilor. A fost înscrisă la universitate timp de cinci ani, cu o cămașă roșie medicală în al doilea an, 1997-98. În cei patru ani în care a jucat un sezon complet sau parțial, UConn a avut un record de 130-10. În jocul Big East, echipa a pierdut doar două jocuri în patru sezoane pentru un record combinat de 66-2. Uconn a câștigat Campionatul sezonului regulat Big East și Campionatul turneului Big East post-sezon în toți cei patru ani. Huskies a mers la turneul NCAA toți cei patru ani, făcând Sweet Sixteen de fiecare dată și Final Four în ultimele două sezoane. În 2000 Ralph a condus echipa la campionatul național și la Final Four, a fost numit cel mai remarcabil jucător al turneului.

În primul ei an (1996-97), echipa UConn a câștigat fiecare joc din programul sezonului regulat (27-0) și a continuat să câștige turneul Big East, finalizând un sezon regulat neînvins cu un record de 30-0. Ralph a fost numit Rookie Big East al anului. De asemenea, a câștigat onoruri naționale de boboc al anului atât de la Asociația Scriitorilor de baschet din Statele Unite, cât și de la știrile sportive. Cu toate acestea, în prima rundă a turneului NCAA, un joc împotriva lui Lehigh, Ralph a rupt ligamentul cruciat anterior (ACL) în genunchiul drept. Nu a putut juca pentru restul turneului. În timp ce echipa a reușit să câștige primele trei meciuri NCAA fără Ralph, au pierdut în fața Tennessee în finala regională.

Shea a avut cel mai bun punctaj în anul doi, cu 16,7 puncte pe meci. A împușcat peste 40% dincolo de arcul în trei puncte pentru acel sezon și 51,7% în timpul sezonului Big East, stabilind recordul din toate timpurile Big East pentru filmările în trei puncte într-un sezon. În turneul Big East, piesa ei i-a adus premiul pentru cel mai remarcabil interpret.

în anul ei de juniori (1999-00), a fost numită căpitan al echipei care a câștigat campionatul național. În meciul de campionat împotriva Tennessee, ea a marcat 15 puncte pe șapte din opt împușcături. De asemenea, a avut șase furturi și șapte pase decisive, determinându-l pe coechipierul Marci Czel să-și poreclească Turneul Shea. A fost desemnată jucătoarea anului din Big East. Ralph a câștigat, de asemenea, premii naționale, inclusiv Sports Illustrated Women Player of the Year, Honda Sports Award în baschet și un loc în echipa Kodak All-America. A jucat în echipa USA Basketball 2000 Jones Cup care a câștigat aurul la Taipei.

în ultimul an(2000-01), Ralph a fost numit în prima echipă Big East. În cei patru ani, a purtat numărul 33, purtat anterior de Jamelle Elliott, actualul crainic sportiv UConn Meghan Pattyson Culmo și ulterior de Barbara Turner.jocul ei final a fost amintit în Cartea lui Jeff Goldberg Bird at the Buzzer, un joc pe care unii l-au numit „cel mai mare joc de baschet feminin jucat vreodată”. După un sezon excelent pentru juniori, Ralph a fost mai puțin productiv la începutul sezonului său senior. Punctul scăzut a venit într-un joc împotriva rivalului Big East Notre Dame În ianuarie, un meci între două echipe neînvinse clasate pe locul unu și pe locul doi în țară. (Goldberg p 66) (Walters 239). Ralph a marcat doar două puncte în acel joc. Revanșa dintre cele două echipe a venit în jocul campionatului Big East. Ralph a luat foc. La un moment dat, ea a marcat opt puncte consecutive pentru Huskies pentru a le ajuta să transforme un deficit într-un avantaj subțire de 31-28. Câteva minute mai târziu a marcat din nou, împingându-și Scorul total la unsprezece puncte la tragerea cu 4-4, împreună cu șase pase decisive și trei furturi, cu peste șase minute rămase în prima repriză. Cu toate acestea, la următoarea posesie, a condus la coș și a făcut o lovitură, răsucindu-se pentru a-și evita apărătorul. Apoi ,” un țipăt agonizant străpunge aerul”, care l-a determinat pe comentatorul Robin Roberts să plângă” Shea Ralph, Oh, Doamne, oh nu”, recunoscând că Ralph a rupt din nou un ACL. La pauză, Ralph le-a spus coechipierilor că tocmai a „modificat-o” și că se va întoarce. UConn a continuat să câștige jocul pe un buzzer-beater de Sue Bird, dar cariera universitară a lui Ralph s-a încheiat. Cu toate acestea, producția generală a turneului lui Ralph i-a adus o poziție în echipa All-tournament.

Shea a fost membru al clasei inaugurale (2006) a inductees la Universitatea din Connecticut baschet feminin „Huskies of Honor” program de recunoaștere. Și-a terminat cariera universitară cu 1.678 de puncte.lupta lui Shea cu anorexia a continuat în facultate. Starea ei nu era cunoscută de Connecticut la momentul recrutării ei, dar în curând a devenit evidentă. Jucarea baschetului a fost prima ei dragoste, așa că lăsarea ei de la joc a făcut-o să mănânce. Dar asta a durat doar până la prima ei lacrimă ACL. Neputând să facă exerciții fizice în timpul reabilitării, ea s-a îngrijorat de creșterea în greutate și a revenit la obiceiurile alimentare proaste. O a doua lacrimă ACL a făcut-o să rateze întregul sezon 1997-1998. Chiar dacă accidentarea a avut loc în afara sezonului, știrea a fost suficient de semnificativă încât a fost povestea principală pe știrile de la ora unsprezece în acea seară din Connecticut. În acel an, a convins-o că trebuie să-și depășească anorexia, chiar dacă numai din responsabilitatea față de colegii ei de echipă.