În 1999, Gabriel Logan și partenerul său Lian Xing investighează o serie de focare biologice declanșate de teroristul internațional Erich Rhoemer. Când colegul agent Ellis pierde contactul în timpul unei misiuni în Costa Rica, agenția top-secret îi trimite pe Gabe și Lian să-l găsească. Ei descoperă că Ellis este mort, iar operațiunea suspectată de droguri a lui Rhoemer este o acoperire pentru operația virală. Un alt focar din Nepal duce la mai multe întrebări atunci când o persoană infectată care ar fi trebuit să piară a supraviețuit cumva.înainte ca Agenția să-l poată urmări pe Rhoemer, el atacă Washington, D. C. și amenință să detoneze bombe virale împrăștiate în oraș. Gabe se luptă cu mai mulți teroriști, inclusiv Mara Aramov, în timp ce urmărește urmele bombelor pe străzile orașului, metrou, Parcul Washington și în cele din urmă Memorialul Libertății, unde trebuie să incinereze expertul în Muniții Anton Girdeux pentru a opri amenințarea finală. Ancheta lui Gabe îl duce la o nouă conducere de la PharCom, o corporație multinațională farmaceutică și biotehnologică condusă de Jonathan Phagan. Plantația din Costa Rica cultiva compuși PharCom, ceea ce înseamnă că Phagan și Rhoemer cooperau. La Centrul de expoziții PharCom, Gabe îl urmărește pe Phagan la o întâlnire cu Aramov și Edward Benton, un aparent Agent turncoat care l-a asistat pe Rhoemer în timpul Washington D. C. atac.

după ce Gabe îl elimină pe Benton, îl salvează pe Phagan de asasinat doar pentru a-l face să scape. Mara Aramov, acum în custodie, a încercat să localizeze laboratoarele virusului PharCom. Gabe trebuie să pună deoparte vânătoarea lui Phagan pentru a distruge baza lui Rhoemer din Kazahstan. În timpul misiunii sale, Rhoemer îl ucide aparent pe Lian, dar directorul Agenției Thomas Markinson îl salvează pe Gabe. Markinson îi dă lui Gabe un raport despre virusul numit Syphon Filter, o armă biologică pe care o poți programa la nivel genetic pentru a viza anumite grupuri de oameni. Markinson îi ordonă lui Gabe să se infiltreze în fortăreața lui Rhoemer din Ucraina pentru a injecta subiecții testați cu un vaccin și pentru a-l localiza pe Phagan, care este acum prizonierul lui Rhoemer. În catacombe, Phagan îi spune lui Gabe că Lian este în viață și se reunesc. Lian a devenit infectat cu filtru sifon, și ea spune că nu există nici un leac universal.Mara Aramov ajunge să-l împuște pe Phagan, dar îi convinge pe Gabe și Lian că a venit să ajute. Cei trei se deplasează la depozitele PharCom în speranța de a-l împiedica pe Rhoemer să lanseze o rachetă. Lian dezvăluie că serul Gabe injectat în subiecții testați a fost într-adevăr o substanță chimică letală, iar Markinson îi ucidea. Folosind luptele dintre teroriștii lui Rhoemer și personalul de securitate al lui Phagan pentru a-i acoperi inserția, Gabe coboară într-un siloz și caută codurile de detonare ale rachetei.

îl găsește pe Markinson, care recunoaște că Agenția a fost de fapt în cârdășie cu bastonul Negru tot timpul. Rhoemer a lucrat pentru Markinson, deoarece acesta din urmă dorea ca virusul să fie în posesia Agenției. Nu a permis niciodată atacul cu rachete, dar înainte de a-l putea opri, Rhoemer îl ucide pe Markinson cu o lovitură în cap. Gabe trebuie să ajungă la Centrul de control al rachetei la timp și să-l distrugă. Înfuriat, Rhoemer îl angajează pe Gabe într-o luptă finală, dar este ucis cu o grenadă cu gaz.

misiunea lor finalizată, Gabe și Lian apelează la Comandamentul de Apărare Chimică și biologică al Armatei SUA (CBDC) pentru a asigura zona. Nu știu cât de departe a cooperat Markinson cu Rhoemer și Phagan, dar Gabe crede că s-ar putea să nu știe niciodată. Într-o scenă post-credite, Aramov se apropie de un bărbat misterios în interiorul sediului Agenției și îi șoptește ceva la ureche. El o felicită în timp ce camera se retrage pentru a arăta cutiile PharCom în birou.