după ce a fost ținut în izolare, Thomas este eliberat în cele din urmă de Janson (poreclit „omul șobolanului”), care este directorul adjunct al WICKED (lumea în Catastrophe Killzone Experiment Department). Janson le spune Gladerilor (Grupa A) și grupa B că majoritatea numărului lor sunt imuni la Flare, dar unii, ale căror nume le citește, nu sunt imuni, inclusiv Newt. Gladerilor li se oferă șansa de a elimina cipurile de control al minții din cap și de a-și restabili amintirile, dar cu prețul capacității lui Thomas de a comunica telepatic cu Teresa și Aris. Doar Thomas, Minho și Newt aleg să nu fie supuși operației, deoarece nu au încredere în WICKED, iar Thomas nu vrea să știe cine a fost când a ajutat la crearea labirintului. Toți trei scapă de WICKED cu ajutorul lui Brenda și Jorge înainte ca jetoanele lor să fie îndepărtate.Brenda și Jorge lucrează pentru WICKED. Thomas se simte inițial trădat, dar Brenda îl convinge să o ierte. La scurt timp după aceea, Gladerii descoperă că toți cei care au suferit restaurarea memoriei i-au abandonat. Newt îi dă lui Thomas o notă și îi spune să o deschidă „la momentul potrivit.”Cei cinci călătoresc apoi la Denver pentru a-l găsi pe Hans, un fost cercetător rău care își poate scoate cipurile de control al minții. Acolo, un bărbat în costum negru îi direcționează către o adresă, unde Gally îi așteaptă. Gally s-a alăturat grupului rebel brațul drept și explică faptul că WICKED captează fiecare imun pe care îl poate găsi pentru a pregăti un alt ciclu al încercărilor. El dezvăluie, de asemenea, că în orașele în descompunere, trăiesc mulți care suferă de Flare, dar iau fericirea ilicită de droguri, care încetinește funcționarea creierului și ajută la ameliorarea durerii pe care o simt manivele din Flare.

grupul îl găsește pe Hans, care îndepărtează cipul de control al lui Minho. Cu toate acestea, WICKED folosește cipul lui Thomas pentru a-l forța să reziste procedurii. Brenda, Jorge și Minho trebuie să-l țină jos, astfel încât Hans să efectueze operația. După aceea, grupul vizitează un caf, unde un agent de pază îl prinde pe Thomas pentru a-l vinde vânătorilor de recompense, care îl vor duce la WICKED. Janson intervine într-o hologramă, trimite un vehicul de poliție pentru a-l salva pe Thomas și îi spune că trebuie să se întoarcă la WICKED „pentru a-l salva pe Newt.”Thomas și prietenii săi află într-o notă că Newt a fost dus la manivele. Minho îi convinge să meargă la Denver Crank Palace pentru a-l salva pe Newt, unde mituiesc paznicii să intre. Când îl întâlnesc pe Newt, el îi ordonă furios să plece, iar ceilalți manivele îi alungă. Thomas își amintește apoi nota lui Newt, o citește și descoperă că l-a implorat pe Thomas să-l omoare. Thomas disperă că nu a citit nota mai devreme.

după ce se întoarce la Denver, Thomas vede că Newt a cedat flăcării. Thomas răspunde rugăminților lui Newt împușcându-l în cap ca un act de milă. Grupul descoperă apoi că Teresa și ceilalți imuni au fost capturați. După ce au bătut gardienii, descoperă că gardienii erau conduși de Vince, liderul brațului drept, care explică că se infiltrează în sediul lui WICKED. În interior, Thomas descoperă cum Janson a încercat să-și folosească încercarea „de a-l salva pe Newt” pentru a compila date pentru vindecare examinând structura fizică a creierului lui Thomas, care l-ar ucide. Thomas este forțat să înceapă operația mortală pe creier, dar reușește să planteze un dispozitiv care dezactivează armele lui WICKED, ceea ce permite brațului drept să înceapă să asalteze instalația.Thomas se trezește pentru a găsi o notă de la cancelarul Ava Paige, șeful WICKED, care explică că există deja suficiente resurse din încercări pentru a face un plan pentru vindecare și astfel creierul său nu este necesar până la urmă. Paige dezvăluie locația Imunilor ” vândute „de brațul drept pentru a avea acces la WICKED și dă indicații către un” loc sigur ” în care Thomas ar trebui să le ia pe toate. Thomas și prietenii săi intră din nou în labirint și găsesc imunele capturate. Cu toate acestea, ei învață că brațul drept intenționează să distrugă, mai degrabă decât să ocupe, sediul rău. Exploziile zguduie labirintul, iar resturile care cad ucid unii dintre Imunii care se află în interior. Declanșată de agitație, cei îndurerați ies din depozit, dar Teresa îi arată lui Thomas cum să-i închidă. Thomas găsește o ușă din spate; care se dovedește a fi un Trans plat. Încep să păstorească copiii imuni prin Trans plat, dar înainte ca Thomas și prietenii săi să poată scăpa, Janson și paznicii de securitate îi încolțesc. Ei încep o luptă care se termină când Thomas îl strangulează pe Janson până la moarte. Cu toate acestea, Teresa moare și din cauza căderii resturilor într-un efort de a salva viața lui Thomas. Fugind de clădire, Imunii scapă prin Trans plat care duce la un paradis luxuriant.

epilogul este povestit de Paige. Ea dezvăluie că, după erupțiile solare catastrofale, Flacăra a fost creată și eliberată în mod deliberat de guvern ca formă de control al populației. Cu toate acestea, guvernul și cei răi s-au trezit incapabili să controleze ciuma. Paige și-a dat seama că nu vor putea găsi niciodată un remediu pentru Flare și că eforturile lui WICKED erau inutile. Ea și-a dat seama că singura speranță de a preveni dispariția umanității era ca Imunii să-și înceapă propria societate, departe de restul lumii. Ea a conceput un plan cu Brenda și Jorge pentru a-i trimite într-un loc sigur pentru a putea restabili civilizația umană și astfel a declarat: „răul este bun.”