în 1868, orașul medieval Edo, sediul Guvernului Tokugawa, a fost redenumit Tokyo, iar birourile Prefecturii Tokyo (-fu) au fost deschise. Extinderea Prefecturii Tokyo a fost inițial limitată la fostul oraș Edo, dar a crescut rapid pentru a fi comparabilă cu actuala metropolă Tokyo. În 1878, reorganizarea Guvernului Meiji a guvernelor locale a subdivizat prefecturile în județe sau districte (gun, subdivizat în continuare în orașe și sate, reorganizat ulterior similar cu districtele prusace) și districte sau secții (ku) care se aflau în orașele prefecturilor obișnuite în ansamblu, de ex.astăzi orașul Hiroshima (-shi) era atunci Hiroshima-ku; cele trei mari orașe din Tokyo, Osaka și Kyoto au fost subdivizate fiecare în mai multe astfel de secții. În Prefectura Tokyo, aceasta a creat 15 secții (enumerate mai jos) și șase județe/districte.

în 1888, guvernul central a creat cadrul legal pentru actualul sistem de orașe (shi) care a acordat unele drepturi de bază de autonomie locală – cu unele asemănări cu sistemul Prusiei de autoguvernare locală ca consilier guvernamental Meiji Albert Mosse a influențat puternic organizarea administrației locale. Dar sub un regulament imperial special, Tokyo City, la fel ca Kyoto City și Osaka City, inițial nu a menținut un primar separat; în schimb, guvernatorul (numit) al Prefecturii Tokyo a servit ca primar al orașului Tokyo. Consiliul/Adunarea orașului Tokyo (t Xktoky Xktok-shikai) a fost ales pentru prima dată în mai 1889. Fiecare secție și-a păstrat și propria adunare. Guvernul orașului și prefecturii au fost separate în 1898., iar guvernul a început să numească un primar separat al orașului Tokyo în 1898, dar a păstrat legislația la nivel de secție, care continuă până în prezent în sistemul special al Secției. Din 1926, primarul a fost ales de Consiliul/Adunarea orașului ales din propriile rânduri. Primăria din Tokyo a fost situată în districtul y Oqustrakuch, pe un site ocupat acum de Forumul Internațional de la Tokyo.Tokyo a devenit al doilea oraș ca mărime din lume (4,9 milioane de locuitori) după ce a absorbit mai multe districte periferice în iulie 1932, oferind orașului un total de 35 de secții.în 1943, orașul a fost desființat și fuzionat cu Prefectura Tokyo pentru a forma Guvernul Metropolitan Tokyo, care făcea parte din punct de vedere funcțional din guvernul central al Japoniei: guvernatorul Tokyo a devenit ministru de Cabinet raportând direct Primului Ministru. Acest sistem a rămas în vigoare până în 1947, când s-a format structura actuală a Guvernului Metropolitan Tokyo.