Zanamivir a fost realizat pentru prima dată în 1989 de către oamenii de știință conduși de Peter Colman și Joseph Varghese la CSIRO Australian, în colaborare cu Colegiul Victorian de farmacie și Universitatea Monash. Zanamivir a fost primul dintre inhibitorii neuraminidazei. Descoperirea a fost inițial finanțată de compania australiană de biotehnologie Biota și a făcut parte din programul continuu al Biota de a dezvolta agenți antivirali prin proiectarea rațională a medicamentelor. Strategia sa sa bazat pe disponibilitatea structurii neuraminidazei gripale prin cristalografie cu raze X. De asemenea, se știa, încă din 1974, că acidul 2-deoxi-2,3-didehidro-n-acetilneuraminic (DANA), un analog al acidului sialic, este un inhibitor al neuraminidazei.

tehnicile de chimie computațională au fost utilizate pentru a sonda situsul activ al enzimei, în încercarea de a proiecta derivați ai Danei care s-ar lega strâns de reziduurile de aminoacizi ale situsului catalitic, deci ar fi inhibitori puternici și specifici ai enzimei. Software-ul GRID prin descoperire moleculară a fost utilizat pentru a determina interacțiuni favorabile din punct de vedere energetic între diferite grupuri funcționale și reziduuri din canionul sitului catalitic. Această investigație a arătat că o zonă încărcată negativ apare în situsul activ al neuraminidazei care se aliniază cu gruparea hidroxil C4 a danei. Prin urmare, acest hidroxil este înlocuit cu o grupare amino încărcată pozitiv; 4-Amino DANA s-a dovedit a fi de 100 de ori mai bună ca inhibitor decât DANA, datorită formării unei punți de sare cu un acid glutamic conservat (119) în situsul activ. Glu 119 S-a observat, de asemenea, că se află în partea de jos a unui buzunar conservat în situl activ, care este suficient de mare pentru a găzdui grupul funcțional guanidină mai mare, dar mai de bază. Rezultatul a fost Zanamivir, un inhibitor analog al neuraminidazei în stare de tranziție.

deoarece Biota era o companie mică, nu avea resursele necesare pentru a aduce zanamivir pe piață de la sine. În 1990, drepturile de brevet zanamivir au fost licențiate către Glaxo, acum GlaxoSmithKline (GSK). Acordul de licență a îndreptățit Biota să primească o redevență de 7% din vânzările Glaxo de zanamivir.

în 1999, produsul a fost aprobat pentru comercializare în SUA și Europa pentru tratamentul gripei A și B. Comitetul Consultativ al FDA a recomandat printr-un vot 13 la 4 că nu ar trebui aprobat, deoarece nu avea eficacitate și nu era mai eficient decât placebo atunci când pacienții luau alte medicamente, cum ar fi paracetamolul. Dar conducerea FDA a respins Comitetul și a criticat recenzorul său, biostatisticianul Michael Elashoff. Revizuirea oseltamivirului, care era, de asemenea, în proces de aprobare la acel moment, a fost luată de la el și reatribuită altcuiva. În 2006, zanamivir a fost aprobat în SUA și Europa pentru prevenirea gripei A și B.

deși zanamivir a fost primul inhibitor de neuraminidază de pe piață, a avut doar câteva luni înaintea celui de-al doilea participant, oseltamivir (Tamiflu), cu o formulare de capsulă orală.

când a fost comercializat pentru prima dată în SUA în 1999/2000, zanamivir a capturat doar 25% din piața antivirală a gripei, în ciuda unei campanii promoționale uriașe. Până la sfârșitul acelui sezon, Tamiflu depășea zanamivir 3:1. În timpul acelui sezon, zanamivir a prezentat avertismente de siguranță la nivel mondial care implicau riscul de bronhospasm și deces. Glaxo a redus apoi comercializarea zanamivirului, iar dominația lui Tamiflu a crescut. Zanamivir în valoare de peste 20 milioane USD vândut de Glaxo în primul sezon din SUA a fost returnat companiei în următoarele două sezoane, deoarece vânzările sale către pacienți au fost mult mai mici decât se aștepta.

Biota a început procedurile legale în 2004, susținând că comercializarea redusă a Zanamivirului de către Glaxo este o încălcare a contractului. Biota a pretins aproximativ 700 de milioane de dolari de la Glaxo. După ce Biota a petrecut patru ani încercând să-și progreseze cazul și a suportat 50 de milioane de dolari în costuri legale, Compania a abandonat cererea în iulie 2008, recuperând doar 20 de milioane de dolari, inclusiv costurile legale în urma soluționării la mediere. Biota refuzase o ofertă tactică anterioară de la Glaxo de 75 de milioane de dolari plus costuri legale.în August 2006, Germania a anunțat că va cumpăra 1,7 milioane de doze de zanamivir, ca parte a strategiei sale de pregătire împotriva gripei aviare. „Achiziția Germaniei arată că țările încep să aibă o viziune echilibrată asupra pregătirii pentru gripă”, a declarat Simon Tucker, șeful cercetării la Biota din Melbourne, unde a fost dezvoltat inițial zanamivir.

în aprilie 2009, multe cazuri de gripă porcină (virus de tip H1N1) au fost raportate în SUA și Mexic. Zanamivir este unul dintre cele două medicamente prescrise pentru tratarea acestuia. Un studiu publicat în iunie 2009 a subliniat necesitatea urgentă de mărire a stocurilor de oseltamivir, cu medicamente antivirale suplimentare, inclusiv zanamivir, pe baza unei evaluări a performanței acestor medicamente în scenariul conform căruia neuraminidaza gripei porcine H1N1 (NA) din 2009 urma să dobândească rezistența la Tamiflu (his274tyr) mutație, care este în prezent răspândită în 99,6% din toate tulpinile sezoniere H1N1 testate.

în ianuarie 2011, GSK a anunțat că va începe studiile de fază III pentru zanamivir intravenos într-un studiu care va cuprinde 20 de țări din emisfera nordică și sudică.