omdat Saginaw Bay ondieper en warmer is dan het hoofdbekken van het Huronmeer, is de visgemeenschap ook anders. Zowel de recreatieve als de commerciële visserij is actief in de Baai van Saginaw. Walleye en gele baars zijn de belangrijkste sportsoorten, terwijl de commerciële visserij voornamelijk gericht is op meer witvis en gele baars. De commerciële visserij is een staat van Michigan vergunning visserij in tegenstelling tot tribal gebaseerde visserij die actief zijn in andere delen van Lake Huron. De recreatieve visserij werd meer prominent in de laatste helft van de 20e eeuw. Daarvoor was de visserij in de baai bijna volledig commercieel. Net als veel van de Grote Meren stortte de visserij in of raakte ze ernstig aangetast rond het midden van de 20e eeuw. Dit werd voornamelijk toegeschreven aan habitatdegradatie (bouw van dammen, sedimentatie van paaigebieden buiten de kust), vervuiling, culturele eutrofiëring en de effecten van invasieve soorten. De relatief intense exploitatie van de commerciële visserij die op dat moment actief was, versnelde waarschijnlijk de dalingen, maar werd niet beschouwd als de belangrijkste oorzaak omdat ze daar sinds het einde van de 17e eeuw actief waren.

heropleving van de visserij begon na de goedkeuring van wetgeving inzake schoon water zoals de Clean Water Act en het Great Lakes Clean Water Pact. De walleye visserij begon een heropleving in de vroege jaren 1980 toen de Michigan Department of Natural Resources gestart met een fingerling voorraad programma. De sportvisserij herstelde zich snel, maar de commerciële visserij op walleye, die formeel werd gesloten in 1970, bleef gesloten. De recreatieve visserij oogst bedroeg gemiddeld 80.000 walleyes per jaar van 1986 tot 2002, maar was afhankelijk van broederij met maar liefst 80% van de oogst bestond uit broederij vis. Een diepgaande voedselweb verschuiving in Lake Huron vond plaats in 2003 met de bijna verdwijning van de invasieve alewife. Alewives gebruikten de nabijgelegen wateren van Saginaw Bay als paaigebied en kwekerij en waren een geducht roofdier en concurrent op pas uitgekomen percid (walleye en yellow baars) fry. Bij afwezigheid van alewives, walleye en gele baars reproductieve succes sterk toegenomen. Het Michigan Department of Natural Resources stopte met de opslag in 2006, en walleye herstel doelen werden formeel gehaald in 2009. De recreatieve oogst varieerde sindsdien van ongeveer 150.000 per jaar tot maar liefst 350.000 per jaar. De Michigan Department of Natural Resources geliberaliseerde walleye recreatieve oogst (hogere dagelijkse bezit limiet en lagere minimum lengte limiet) in 2015. Hoewel geelbaars ook profiteerde van de afwezigheid van alewives met groter reproductief succes, is het aantal volwassenen gedaald en bleef depressief. Dit komt door een hoge sterfte in hun eerste levensjaar, vermoedelijk predatie van walleye en andere roofdieren.

andere historisch belangrijke soorten in de Baai van Saginaw zijn lake sturgeon en cisco (Lake herring). Tot het midden van de 20e eeuw, Saginaw Bay ondersteund een enorme Cisco commerciële visserij. Ze daalden in een groot deel van het meer en zijn niet hersteld in Saginaw Bay. Een Cisco fingerling stocking programma gericht op het herstel van een broedpopulatie in de baai werd gestart in 2017, een gezamenlijke oefening door de U. S. Fish and Wildlife Service, De Michigan Department of Natural Resources en andere partner agentschappen van de Great Lakes Fishery Commission. Lake sturgeon, die vooral paaien in rivieren, zijn ook het onderwerp van een herbevolking inspanning onder leiding van de Michigan Department of Natural Resources, met aanplant plaatsvindt in de Saginaw rivier systeem.