Merritt creëerde en speelt hoofdrollen in de bands The Magnetic Fields, The 6ths, the Gothic Archies en Future Bible Heroes. Hij gebruikte kort de naam Baudelaire Memorial Orchestra als een toeschrijving voor een lied geschreven voor Lemony Snicket ‘ s a Series of Unfortunate Events, getiteld “Scream and Run Away”. Verdere muziek werd opgenomen voor de audioboekversies van de serie en wordt toegeschreven aan de Gothic Archies. The Tragic Treasury werd uitgebracht door Nonesuch Records in oktober 2006 samen met het 13e en laatste boek van de serie.onder zijn eigen naam nam hij de soundtracks op voor de films Eban en Charley en Pieces of April. De soundtrack van de Nickelodeon show The Adventures of Pete & Pete bevatte veel van zijn nummers.hij en regisseur Chen Shi-Zheng werkten samen aan drie stukken muziektheater: The Orphan of Zhao (2003), Peach Blossom Fan (2004) en My Life as a Fairy Tale (2005). Geselecteerde nummers van deze werken zijn uitgebracht op Nonesuch Records onder de titel Showtunes.daarnaast is hij een derde van het zeldzame, live-only ensemble the Three Terrors, waarvan de andere hoofdleden Dudley Klute en LD Beghtol van 69 Love Songs zijn. Eerdere thema ’s van deze optredens waren Franse popmuziek, filmthema’ s (waaronder het titelnummer van Deep Throat), intoxication en New York City. Kenny Mellman (van Kiki & Herb), James Jacobs, Daniel Handler, Jon DeRosa en anderen hebben opgetreden met The Three Terrors op deze sporadische gala-evenementen.Merritt schreef en zong “I’ m in a Lonely Way” in een tv-commercial voor Volvo die werd uitgezonden in de zomer en herfst van 2007. Hij speelde ook “The Wheels on the Car”.Merritt schreef de muziek en teksten voor een Off-Broadway musical uit 2009 van Coraline, een roman van Neil Gaiman. In de MCC Theater productie, zal zijn muziek worden uitgevoerd door een piano “orkest” – compleet met een traditionele piano, een speelgoedpiano en een geprepareerde piano (een piano die zijn geluid heeft veranderd door het bevestigen van objecten – zoals tin folie, elastiekjes en speelkaarten – aan de snaren).hij produceerde een score voor de stomme film 20,000 Leagues Under the Sea, die werd opgevoerd in het Castro Theatre in San Francisco op 4 mei 2010 als onderdeel van het San Francisco International Film Festival.