Efter att ha hållits i isolering släpps Thomas så småningom av Janson (smeknamnet ”Rat Man”), som är biträdande chef för WICKED (World In Catastrophe Killzone Experiment Department). Janson berättar för Gladers (Grupp A) och Grupp B att de flesta av deras antal är immuna mot Flare, men vissa, vars namn han läser, är inte immuna, inklusive Newt. Gladers erbjuds chansen att ta bort mind-control chips i huvudet och återställa sina minnen men på bekostnad av Thomas förmåga att kommunicera telepatiskt med Teresa och Aris. Endast Thomas, Minho och Newt väljer att inte genomgå operationen, eftersom de inte litar på WICKED, och Thomas vill inte veta vem han var när han hjälpte till att skapa labyrinten. Alla tre flyr från WICKED med hjälp av Brenda och Jorge innan deras marker tas bort.

Brenda och Jorge avslöjas för att arbeta för WICKED. Thomas känner sig initialt förrådd, men Brenda övertygar honom att förlåta henne. Strax därefter upptäcker Gladers att alla som hade genomgått minnesåterställningen övergav dem. Newt ger Thomas en anteckning och ber honom att öppna den ”när tiden är rätt.”De fem reser sedan till Denver för att hitta Hans, en tidigare ond forskare som kan ta bort sina mind-control chips. Där leder en man i svart kostym dem till en adress, där Gally väntar på dem. Gally har gått med i rebellgruppen höger Arm och förklarar att WICKED fångar varje immun som den kan hitta för att förbereda en annan cykel av försöken. Han avslöjar också att i de förfallna städerna bor många som lider av Flare men tar den olagliga drogen Bliss, vilket saktar ner hjärnans funktion och hjälper till att lindra smärtan som vevar känner av Flare.

gruppen hittar Hans, som tar bort Minhos kontrollchip. WICKED använder dock Thomas chip för att tvinga honom att motstå proceduren. Brenda, Jorge och Minho måste hålla honom nere så att Hans ska utföra operationen. I efterhand, gruppen besöker en caf Kazaki, där en säkerhetsvakt griper Thomas att sälja honom till prisjägare, som kommer att ta honom till WICKED. Janson ingriper i en holografisk, skickar ett polisfordon för att rädda Thomas och berättar för honom att han måste återvända till WICKED ”för att rädda Newt.”Thomas och hans vänner får reda på i en anteckning att Newt har tagits till vevarna. Minho övertygar dem att gå till Denver Crank Palace för att rädda Newt, där de Muta vakterna för att komma in. När de möter Newt, han ilsket beordrar dem att lämna, och de andra vevar jaga dem. Thomas minns sedan Newts anteckning, läser den och upptäcker att han hade bett Thomas att döda honom. Thomas förtvivlar över att inte ha läst anteckningen tidigare.

Efter att ha återvänt till Denver ser Thomas att Newt har succumbed till Flare. Thomas svarar Newts grunder genom att skjuta honom i huvudet som en barmhärtighetshandling. Gruppen upptäcker sedan att Teresa och de andra Immunerna har fångats. Efter att ha slagit ut vakterna upptäcker de att vakterna leddes av Vince, ledaren för höger Arm, som förklarar att de infiltrerar WICKED huvudkontor. Inuti upptäcker Thomas hur Janson försökte använda sitt försök” att rädda Newt ” för att sammanställa data för botemedlet genom att undersöka den fysiska strukturen i Thomas hjärna, vilket skulle döda honom. Thomas tvingas börja den dödliga hjärnoperationen men lyckas plantera en enhet som inaktiverar WICKED vapen, vilket gör att höger Arm kan börja storma anläggningen.Thomas vaknar upp för att hitta en anteckning från Kansler Ava Paige, chefen för WICKED, som förklarar att det redan finns tillräckligt med resurser från försöken för att göra en plan för botemedlet och så är hans hjärna inte nödvändig trots allt. Paige avslöjar platsen för Immunes ”såld” av höger Arm för att få tillgång till WICKED, och hon ger vägbeskrivning till en ”säker plats” där Thomas ska ta dem alla. Thomas och hans vänner går in i labyrinten igen och hittar de fångade Immunes. Men de lär sig att den högra armen avser att förstöra, snarare än att ockupera, onda huvudkontor. Explosioner vagga labyrinten, och fallande skräp dödar några av de Immunes som är inne. Utlöst av upproret kommer Grievers ur lagring, men Teresa visar Thomas hur man stänger av dem. Thomas hittar en bakdörr; som visar sig vara en platt Trans. De börjar valla de immuna barnen genom den platta Trans men innan Thomas och hans vänner kan fly, Janson och säkerhetsvakterna hörn dem. De börjar en kamp som slutar när Thomas stryper Janson till döds. Men Teresa dör också av fallande skräp i ett försök att rädda Thomas liv. Flyr byggnaden, Immunes fly genom den platta Trans som leder till en frodig paradis.

epilogen berättas av Paige. Hon avslöjar att efter de katastrofala solfläckarna skapades flaren medvetet och släpptes av regeringen som en form av befolkningskontroll. Men regeringen och WICKED fann sig inte kunna kontrollera pesten. Paige insåg att de aldrig skulle kunna hitta ett botemedel mot Flare och att WICKED ansträngningar var meningslösa. Hon insåg att det enda hoppet att förhindra mänsklighetens utrotning var att Immunes skulle starta sitt eget samhälle, bort från resten av världen. Hon utarbetade en plan med Brenda och Jorge för att skicka dem till en säker plats att de kunde återställa den mänskliga civilisationen och så sade hon: ”WICKED är bra.”