i den första förståelsen Phylogenies post skisserade jag några grundläggande fylogenetiska terminologi med hjälp av en godisbar fylogeni. Huvudpoängen är att layouten (aka – topologi) av grenar och noder illustrerade hur godisstänger (aka – taxa) var relaterade till varandra baserat på deras egenskaper (i detta fall godisform eller smak). I alla fall, du kanske har märkt ett antal falska relationer.

till exempel (figur 3A):
• är York Peppermint Patties och Cherry Mash verkligen syster taxa bara för att de är runda?
• vad förenar jordnöts-och kokosnötkladerna som syster taxa?r• * i jordnötskladen är jordnötssmör (Reeces Jordnötssmörkoppar) syster till jordnötter (lönedag) eller till ”jordnötssmör-y” fyllning (Butterfinger)?r• * vad är den gemensamma förfadern mellan” droppar ”och” Flat Bar ” godis?

svaret är att vissa av relationerna i det ursprungliga trädet inte är meningsfulla. Jag tvingade taxa till ett helt förgrenande träd (figur 3A). Vi kan dock visa tvetydighet genom att inte tvinga trädet att förgrena sig och tillåta polytomier på trädet (figur 3B). Polytomier kan antingen representera osäkerhet i data eller brist på information. Att avgöra om en polytomi representerar osäkerhet eller brist på information är upp till forskaren och deras kunskap om systemet och data. De kanske kan samla in mer data (ex – extra taxa eller fler karaktärsdrag ) för att lösa trädet. Vissa polytomier kan emellertid inte lösas och återspeglar helt enkelt osäkerhet som forskare måste redogöra för när de går vidare med sina analyser.

vikten som ges till egenskaperna bidrar till skillnaden mellan bifurcating (figur 3a) och polytomi (figur 3b) träd. När godis form ansågs (figur 3A), smak grupper taxa nära tips men form grupper kladar närmare roten. Men när Form inte beaktades gjordes grupperingar endast av smak och det fanns otillräckliga data för att helt förgrena trädet nära roten, eftersom vissa klader inte delade flera smakprofiler.medan polytomier kan vara frustrerande eftersom alla relationer mellan taxa inte beskrivs, är de en mycket verklig del av att bygga och tolka fylogenier. Därför är polytomier också en verklig del av tolkningen av evolutionära mönster. (Du kan se många polytomier över livets träd på denna interaktiva webbplats.)