När Indira krävde val i januari 1977 förlorade hon mot Raj Narain från Rae Bareilly, och med många oppositionsgrupper, inklusive kongressen (O), gick med långvariga rivaler, regionala partier och block av rivaliserande ideologier för att bilda Janata Party. Det vann 356 platser, nära 2/3 majoritet, och för första gången sedan självständigheten bröts det styrande Kongresspartiets dominans. Morarji Desai tillträdde äntligen som premiärminister när Jaiprakash Narayan valde honom som den man som mest sannolikt skulle hålla koalitionen förenad.

vid den tiden var han 81 år gammal men fortfarande frisk och kraftfull, utan några speciella sjukdomar.

premiärminister
Desai ledde en splittrad koalitionsregering och misslyckades därmed med att uppnå mycket på grund av kontinuerlig in-wrangling och mycket kontrovers. Utan parti i ledningen för koalitionen tävlade rivaliserande grupper om att avveckla Desai. Kontroversiella rättegångar mot framstående kongressledare, inklusive Indira Gandhi över missbruk av nödsituationer, förvärrade hans administrations förmögenheter. Desai arbetade för att förbättra relationerna med grannen och ärkerivalen Pakistan och återställde normala relationer med Kina, för första gången sedan kriget 1962. Han kommunicerade med Zia-ul-Haq och etablerade vänliga relationer och diplomatiska förbindelser återupprättades också med Kina. Hans regering upphävde många ändringar av konstitutionen under nödsituationer och gjorde det svårt för någon framtida regering att införa nationell nödsituation.sedan Indiens första kärnvapenprov 1974 behöll Desai Indiens kärnreaktorer som säger”de kommer aldrig att användas för atombomber, och jag kommer att se till om jag kan hjälpa det”. 1977 sålde Carter-administrationen Indien, tungt vatten och uran för sina kärnreaktorer men krävde amerikansk inspektion på plats av kärnmaterial. Desai avböjde och såg den amerikanska ståndpunkten som motsägelsefull, mot bakgrund av sin egen kärnvapenarsenal.

pensionering & död 1979 drog Raj Narain och Charan Singh ut ur Janata-partiet och tvingade Desai att avgå från sitt ämbete och gå i pension från politik vid 83 års ålder. Desai kämpade för Janata Party 1980 allmänna val som seniorpolitiker men bestred inte valet själv.

i pension bodde han i Bombay och dog vid 99 års ålder. Han hade hedrats mycket under sina senaste år en frihetskämpe i sin generation.kanti Desai, Morarji Desais son, kritiserades ofta för att vara korrupt och använda sin fars namn som ett inflytande. Under Desai pension, familjen vräktes från sin lägenhet i ’Oceanea’ komplex i Mumbai genom ett domstolsbeslut som utfärdats av rättvisa Chandrachud. Sharad Pawar, då chefsminister för Maharashtra, försåg honom med permanent Regeringsbostad i Mumbai fram till sin död.

det är bisarrt men sant att Morarji Desai oftast kommer ihåg för sin mästare av urinterapi. Han berättade för journalisten Khushwant Singh att han rekommenderades att försöka dricka sin egen urin när han var i 40-talet för att bota högar (hemorrojder), och han fick omedelbara resultat. Därefter fortsatte han övningen och var ganska öppen om det och sa att du inte skulle göra något du skulle skämmas för.Morarji Desai var en strikt anhängare av Mahatma Gandhis principer och en moralist.

fejd med R&Aw Morarji Desai hade beskrivit forsknings-och Analysvingen (R&Aw), Indiens externa underrättelsetjänst, som PRETORIAN guard of Indira Gandhi och hade lovat att stoppa alla aktiviteter i R&Aw efter att ha blivit premiärminister. Han stängde mycket av byrån och minskade sin budget och verksamhet. B. Raman, den tidigare chefen för Terrorismavdelningen för R&AW och noterade säkerhetsanalytiker, avslöjar att Morarji Desai i ett obevakat ögonblick indiskret berättade för pakistanska presidenten Zia ul-Haq att han var medveten om Islamabads kärnvapenplaner.det är underförstått att Moshe Dayan skickades på ett uppdrag att ingripa med Morarji Desai om tillstånd att göra det möjligt för israeliska tankfartyg att landa tanka och starta från en iaf-bas i Gujrat som stöder ett uppdrag som Israels planerade, att förstöra Pak-kärnanläggningar och sedan komma upp, som de hade gjort vid Osirak i Irak. Dayan förkläddes som en Sikh gentleman på ett privat besök för ändamålet. Begäran avslogs och uppdraget förverkligades inte.

Social Service Morarji Desai var en sann Gandhian följare, socialarbetare, institution byggare och en stor reformator. Han var kansler för Gujarat Vidyapith (universitet etablerat av Mahatma Gandhi). Även under sin tid som premiärminister brukade han besöka och stanna på Vidyapith under oktober månad. Han exemplifierade enkelhet och brukade skriva vykort själv även när han innehade premiärministerns kontor. Sardar Patel deputerade honom för att genomföra möten med bönder i Kaira-distriktet som äntligen ledde till inrättandet av Amul kooperativ rörelse. Under sitt styre drog han tillbaka ingripandet i det offentliga distributionssystemet och ransoneringsbutiker förlorades bokstavligen på grund av billigt socker och olja som finns på marknaden.

urinterapi
Morarji Desai var en utövare av urinterapi. 1978 talade han med Dan snarare på 60 minuter om urinterapi. Desai uppgav att urinterapi var den perfekta medicinska lösningen för de miljoner indianer som inte har råd med medicinsk behandling. Desai hävdade att han drack en pint av sin egen urin varje dag.