Oncomine är ett målinriktat test för identifiering av kliniskt signifikanta somatiska mutationer inklusive singelnukleotidvarianter (SNV), insertioner och deletioner (Indels), genfusioner och kopianummerförändringar (CNA) från DNA och RNA av 143 cancerrelaterade gener (>2,500 amplicons) i fasta tumörer, med hjälp av riktad nästa generations sekvensering (CNA) ngs). Generna som förhörs i analysen kategoriseras av genomiska förändringar i 73 hot spot-gener (med SNV och Indels), inklusive 49 gener med fokala CNA, såsom ERBB2, och 23 gener med kända fusioner såsom ALK och ROS1 i NSCLC. Testet inkluderar också fyra par av 5′, 3 ’ expression obalans analyser för ALK, ROS1, RET och NTRK1. Dessutom ger testet full täckning av 26 tumörsuppressorgener.

den omfattande panelen Oncomine kan upptäcka ntrk1 -, NTRK2-och NTRK3-fusioner. Patienter med denna typ av fusion kan vara berättigade till larotrectinib, en nyligen godkänd FDA-behandling för tropomyosinreceptorkinas (TRK) fusionscancer.

Oncomine Fact Sheet
ONCOMINE FAQ

Preparatkrav

1. Formalin-fixed paraffin embedded (FFPE) prover
1. en H&e Slide och 15-20 Unstained sektioner krävs
2. minsta mängd neoplastisk cellularitet acceptabel är 20%
2. fast fin nål aspiration (Fna) prov
1. en h&e slide och 15-20 ofärgade sektioner från cellblock krävs
2. minsta mängd neoplastisk cellularitet acceptabel är 20%
3. Cytolytlösning
1. celler suspenderade i CytoLyt-eller konserveringslösning
2. konserverade vid rumstemperatur inte längre än 8 dagar

beställa testet

Oncomine Comprehensive Mutation Panel finns i Epic och kan beställas av en onkolog. En patolog eller Cytopatolog kan också beställa testet direkt genom CoPath.

ansvarsfriskrivning

Oncomine Comprehensive Test utvecklades och dess prestandaegenskaper bestämdes av Clinical genomics Laboratory, Englander Institute for Precision Medicine/Institutionen för patologi och laboratoriemedicin vid Weill Cornell Medicine/New York-Presbyterian Hospital; och godkänd av New York-State Department of Health (NYS-DOH). Denna metod har inte rensats av Food and Drug Administration (FDA). FDA har fastställt att sådant godkännande eller godkännande inte är nödvändigt.

varianter av osäkert ursprung (könslinje kontra somatiskt ursprung) kan inte bestämmas entydigt i detta test, så att könsförändringar inte rapporteras. Om en möjlig patogen bakteriemutation (ärftlig) misstänks, kommer rådgivning av en styrelsecertifierad genetisk rådgivare att rekommenderas i anmärkning.