Henry Highland Garnet föddes den 23 December 1815 i New Markey, Maryland. Hans föräldrar, George och Henrietta, var slavar vid tiden för hans födelse. Hans farfar hade förts till USA på ett slavskepp några år tidigare. Garnet far, George, var en bön man som hade en hel del inflytande på Garnet starka religiösa övertygelser senare i livet. Familjen flydde från slaveri 1824 med hjälp av tunnelbanan. Efter att ha bosatt sig en kort tid i New Hope i Bucks County, Pennsylvania, fick George arbete som skomakare i New York City, där familjen äntligen bosatte sig. Det var vid denna tid, 1826, att George ändrade efternamnet till ”Garnet” som ett tecken på deras nya liv efter slaveri. Som pojke reste Garnet till Kuba och Washington, DC, arbetade som däckhand på en skonare, ett handelsfartyg. När han återvände åkte han till Long Island för att arbeta som lantbrukare i två år.1831 började Garnet sina studier vid High School for Colored Youth i New York City. Två år senare döptes Garnet av Theodore Sedgwick Wright, pastor i den första färgade presbyterianska kyrkan. När han deltog i Noyes Academy i Canaan, New Hampshire, träffade Garnet Julia Williams. De gifte sig 1841 och hade tre barn, varav endast en överlevde till vuxen ålder. Paret flyttade till Troy, New York, där han studerade religion och teologi med Nathan Beman, en ny Skolpräst.1841 ordinerades Garnet som pastor i Liberty Street Presbyterian Church och blev en stark förespråkare för avskaffandet av slaveri. Han gick med i det amerikanska och utländska Antislaverisamhället och började hålla tal mot slaveri i hela nordöstra. År 1843 gav Garnet ett känslomässigt tal vid Negro National Convention i Buffalo, New York. Han uppmanade slavarna att befria sig på alla möjliga sätt. Hans tal, adress till USA: s slavar (1843), flyttade människor till tårar. Men garnets radikala ideer motsattes av mer konservativa aktivister som Frederick Douglass.1850 reste Garnet till Storbritannien för att föreläsa mot slaveri. Medan han var där ledde han en bojkott av bomullstillverkning. 1852 skickades Garnet till Jamaica som missionär för United Presbyterian Church of Scotland. Efter att han blev sjuk 1855 tvingades han återvända till New York City, där han blev pastor i Shiloh Presbyterian Church. 1861 återvände Garnet till England för en kort tid för att representera African Civilization Society, men han återvände när amerikanska inbördeskriget bröt ut. Han rekryterade fria svarta för att kämpa för Norr, och han samlade mat, kläder och andra bekvämligheter för att göra deras liv som soldater mer uthärdliga.år 1864 blev Garnet pastor i Fifteenth Street Presbyterian Church i Washington, DC. Han fortsatte att tala mot slaveri och var den första svarta Amerikanen som predikade en predikan för Representanthuset i Capitol. 1868 flyttade Garnet till Canal Street i Allegheny City, Pittsburgh, där han tjänstgjorde som president för Avery College, en skola för religiös utbildning för afroamerikaner. I Pittsburgh etablerade Garnet Grace Memorial Church, Den första kyrkan för Pittsburghs svarta presbyterianska samhälle. Han återvände till Shiloh Presbyterian Church 1870. 1881 utnämnde President Garfield Granatminister (positionen är nu ambassadör) och generalkonsul till Liberia, Västafrika.

garnets fru, Julia, gick bort 1870. 1879 gifte han sig med Sarah Smith Tompkins, som var en framstående lärare i New York och skolans rektor. Efter att ha flyttat till Liberia i December 1881 blev Garnet sjuk. Två månader senare gick han bort den 13 februari 1882 i Monrovia. Hans dotter, Fru M. H. Garnet-Barboza, hjälpte till att organisera en skola till sin fars minne i Brewersville, Liberia. Folket i Pittsburgh firar en ”Henry Highland Garnet Day” varje februari till minne av det arbete han gjorde i deras stad.