proceduren börjar med att göra ett celllysat av cellerna av intresse. Detta lysat innehåller polysomer, monosomer (bestående av en ribosom bosatt på en mRNA), de små (40S i eukaryoter) och stora (60S i eukaryoter) ribosomala subenheter, ”fri” mRNA och en mängd andra lösliga cellulära komponenter.

proceduren fortsätter genom att göra en kontinuerlig sackarosgradient med kontinuerligt variabel densitet i ett centrifugrör. Vid de använda koncentrationerna (15-45% i exemplet) stör sackaros inte föreningen av ribosomer och mRNA. 15% – delen av lutningen är överst på röret, medan 45% – delen är längst ner på grund av deras olika densitet.

en specifik mängd (mätt med optisk densitet) av lysatet skiktas sedan försiktigt ovanpå lutningen i röret. Lysatet, även om det innehåller en stor mängd lösligt material, är mycket mindre tätt än 15% sackaros, och så kan det hållas som ett separat lager på toppen av röret om detta görs försiktigt.

för att separera komponenterna i lysatet utsätts preparatet för centrifugering. Detta accelererar komponenterna i lysatet med många gånger tyngdkraften och driver dem därmed genom lutningen baserat på hur ”stora” de enskilda komponenterna är. De små (40S) underenheterna reser mindre långt in i lutningen än de stora (60S) underenheterna. 80-talets ribsomer på en mRNA reser vidare (Observera att bidraget från storleken på mRNA till det avstånd som reste är inte signifikant). Polysomer som består av 2 ribosomer reser vidare, polysomer med 3 ribsomer reser vidare, och om och om igen. Komponenternas ”storlek” betecknas av s, svedberg-enheten. Observera att en S = 10-13 sekunder, och att begreppet ”stort” faktiskt är en förenkling.

efter centrifugering samlas innehållet i röret som fraktioner från toppen (mindre, långsammare rörelse) till botten (större, snabbare rörelse) och den optiska densiteten hos fraktionerna bestäms. De första fraktionerna som avlägsnas har en stor mängd relativt små molekyler, såsom tRNA, enskilda proteiner etc.