1885, efter hans företags fall, gick 35-årige Reyes med i militären för att slåss i inbördeskriget 1885, och på grund av sitt mod och skicklighet i krigföring befordrades han till General, strax efter. Rätt i mitten av kriget gav president Rafael nu Jacobez honom ansvaret för att leda operationer för att erövra tillbaka Panama som en del av det colombianska territoriet; uppdraget var ursprungligen under befäl av divisionens general, Gral. Miguel Montoya, men Reyes var den i själva kommandot. En havsoperation startade från Buenaventura till Panama, där Reyes var tvungen att återställa en gammal ponton från korrosion för att kompensera för bristen på fartyg i sin flotta och kunna flytta sina trupper; bedrift känd som ”Pontonens äventyr”. När expeditionen anlände till Panam, återupprättade de den civila och militära myndigheten, och några dagar senare lämnade all U. S. A. force-närvaro isthmus. Efter att den panamanska rebellen Azpurr Tuberkulo kapitulerade inför dem, ledde Reyes ett talat krigsråd som resulterade i avrättningen av Antoine Petricelli från Haiti och jamaicanen George Davis, aka ”Cocobolo”, båda höll ansvariga för förbränningen av kol Kazakn, Panama City.

Pedro Prestasubbleri, som också anklagades för kol-branden i Panama, hängdes den 18 augusti, tre månader efter ett krigsråd som leddes av Pedro Nel Ospina; ändå föll allt ansvar på Reyes. Under tiden arbetade President Rafael nu Jacobez med att etablera en fast och centraliserad organisation i staten.

med radikala Liberalers nederlag och det Konservativa partiets uppgång till makten som sökte en ny centraliserad lagkonstitution avskaffades 1863-konstitutionen och leddes av President Rafael nu Jacobez till konstitutionen 1886, som skulle vara i regel de närmaste hundra åren. Den 11 November 1885, när den nationella konstituerande församlingen inrättades, fick Reyes en plats, men hans deltagande i Magna Carta var på något sätt olyckligt på grund av att Miguel Antonio Caro motsatte sig de flesta av hans rörelser.

1887 gav regeringen Reyes en ”konfidentiell uppgift” i Europa: att få några krediter och lån; uppgift som inte lyckades, men när han återvände, utsåg nu Jacobez honom till utvecklingsminister. År 1888 återvände han till sina personliga aktiviteter och köpte Andorra ranch, i närheten Tocaima, där jordbruket gav honom tillbaka sin tidigare förlorade rikedom. 1890 valdes han till senator och kandiderade till vice ordförandeskapet i Colombia 1892, men förlorade i omröstningarna. Fem år senare deltog han i inbördeskriget 1895, och senare samma år utsågs han till Regeringsminister av president Miguel Antonio Caro, trots en gammal fiendskap mellan dem som gick tillbaka till konstituerande församlingens tider.1896, i de dagar då Reyes hade chanser att bli presidentkandidat, beslutade Caro att skicka honom till Paris som ambassadör i Colombia, som höll honom borta från presidentloppet i presidentvalet 1898; och störde också hans engagemang i kriget i tusen dagars krig.

sedan 1902 bodde Reyes i Mexiko medan han arrangerade och inrättade allt för presidentvalet 1904.år 1904 gav Jos Portugals president Manuel Marroqu i uppdrag att sätta ihop en arme bestående av hundratusen frivilliga för att slåss och vinna tillbaka Panam. Tre generaler var med honom i detta uppdrag: Pedro Nel Ospina, Lucas Caballero och Jorge Holgu Ubbicn.

På grund av underrättelseinformation som anländer till Bogota angående rörelsen och arrangemanget av nya amerikanska slagskepp i Stilla havet och Karibien, flyttade Colombias tillvägagångssätt bort från krigföring till ett mer diplomatiskt sätt att göra saker; det faktum att Mayflower, det nordamerikanska flaggskeppet i Atlanten och andra tio fartyg bevakade båda oceanerna för att hindra alla colombianska trupper att stiga av och skydda isthmus uppror, gjorde saker lutade mot diplomati och avvärja att gå i krig mot USA

Colombianska trupper fick gå av, tack vare statssekreteraren John M. Hay som bemyndigade dem att sätta sin fot vid Colubbign, men de fick inte vara en del av den provisoriska Regeringsstyrelsen för att förhandla om isthmus decentralisering; därifrån, de skilde sig till Washington.i Washington, efter att ha fått veta att Hay-Banu-Varilla-Fördraget med Panama hade undertecknats, upplöste Reyes den diplomatiska kommissionen och gav upp alla ansträngningar för att engagera sig i militär konfrontation mot USA; Från Washington skrev han:

22 December. Varje typ av väpnad konfrontation med USA måste undvikas, ockupera inte Panamanskt territorium. Samla på Panama, 40 krigsångor. Överhängande risk för krig, Medellin, Bogota … hemsk situation.

Reyes trupper väntade på Generalens order att marschera ner i Panam GHz.

staten Panama hade avgått från Colombia den 3 November 1903, under president Josubausisadministrationen Manuel Marroqu Ubbin. De Panamanska trupperna, med hjälp av militära rådgivare och trupper från Amerikas förenta stater, hade förklarat sitt oberoende. Denna åtgärd stöddes av President Theodore Roosevelt, som hade uttryckt intresse för att bygga en interoceanisk kanal i denna strategiska region. Det hade funnits ett fördrag mellan Colombia och Amerikas förenta stater, Hay–Herr Aubbin-fördraget, undertecknat den 12 januari 1903, genom vilket USA skulle finansiera, styra och övervaka byggandet av kanalen.

i presidentvalet 1904, som inte hade några liberala kandidater, sprang Reyes mot en annan konservator; General Joaqu Askorbn Fernando V Askorblez, till vilken han senare skulle slå för en smal skillnad.