eftersom Saginaw Bay är grundare och varmare än Huvudbassängen i Lake Huron, är dess fiskgemenskap också annorlunda. Både fritids-och kommersiellt fiske verkar i Saginaw Bay. Gös och gul abborre är de främsta sportarterna medan det kommersiella fisket främst riktar sig till vitfisk och gul abborre. Det kommersiella fisket är ett tillstånd av Michigan licensierat fiske i motsats till stambaserat fiske som verkar i andra delar av Lake Huron. Fritidsfisket blev mer framträdande under den sista halvan av 20-talet. Före det var Bayens fiske nästan helt kommersiellt. Liksom mycket av de stora sjöarna kollapsade fisket eller blev allvarligt försämrat runt mitten av 20-talet. Detta berodde främst på nedbrytning av livsmiljöer (dammkonstruktion, sedimentering av lekområden utanför stranden), förorening, kulturell övergödning och effekterna av invasiva arter. Den relativt intensiva utnyttjandet av det kommersiella fisket som fungerade vid den tiden påskyndade förmodligen nedgångarna men tros inte vara den främsta orsaken eftersom de hade fungerat där sedan slutet av 17-talet.

återuppkomsten av fisket började efter passage av renvattenlagstiftning som Clean Water Act och Great Lakes Clean Water Pact. Gösfisket började en återuppkomst i början av 1980-talet när Michigan Department of Natural Resources inledde ett fingerling stocking-program. Sportfisket återupptogs snart, men det kommersiella fisket efter gös som formellt stängdes 1970 förblev stängt. Fritidsfiskeskörden var i genomsnitt 80 000 walleyes årligen från 1986 till 2002 men var kläckningsberoende med så mycket som 80% av skörden som kläckningsfisk. En djupgående matvävskifte i Lake Huron ägde rum 2003 med den invasiva alewifes nära försvinnande. Alewives använde Saginaw Bays strandnära vatten som lek-och plantskolor och var ett formidabelt rovdjur och konkurrent på nykläckt percid (gös och gul abborre) yngel. I avsaknad av alewives ökade reproduktiv framgång för gös och gul abborre kraftigt. Michigan Department of Natural Resources avbröt strumpan 2006 och mål för återhämtning av gös uppfylldes formellt 2009. Fritidsskörden har sedan dess varierat från cirka 150 000 per år till så mycket som 350 000 per år. Michigan Department of Natural Resources liberaliserade walleye recreational harvest (högre daglig besittningsgräns och lägre minsta längdgräns) 2015. Även om gul abborre också gynnades av frånvaron av alewives med större reproduktiv framgång, har antalet vuxna minskat och förblivit deprimerat. Detta beror på en hög dödlighet i deras första levnadsår, tros vara predation från gös och andra rovdjur.

andra historiskt viktiga arter i Saginaw Bay inkluderar Lake sturgeon och cisco (Lake herring). Fram till mitten av 20-talet, Saginaw Bay stödde en enorm cisco kommersiellt fiske. De minskade i stora delar av sjön och har inte återhämtat sig i Saginaw Bay. Ett cisco fingerling stocking-program som syftar till att återställa en avelspopulation i viken inleddes 2017, en gemensam övning av US Fish and Wildlife Service, Michigan Department of Natural Resources och andra partnerbyråer i Great Lakes Fishery Commission. Lake sturgeon, som huvudsakligen leker i floder, är också föremål för en utsättning ansträngning ledd av Michigan Department of Natural Resources, med planteringar som äger rum i Saginaw River system.