Bakers första långfilm var Four Letter Words, en film som kretsar kring unga mäns utseende, åsikter, attityder och språk i Amerika. Baker skrev, regisserade och redigerade filmen. Baker fortsatte sedan med att göra Take Out, som han var med och skrev, samregisserade, samredigerade och samproducerade med Shih-Ching Tsou. Filmen kretsar kring en illegal Kinesisk invandrare hamna på efterkälken på betalningar på en smuggling skuld, lämnar honom bara en dag att komma med pengar. Filmen hade sin världspremiär på Slamdance Film Festival den 18 januari 2004, men fick inte en begränsad release förrän den 6 juni 2008. Bakers tredje långfilm, Prince of Broadway, hade premiär på Los Angeles Film Festival den 22 juni 2008. Filmen följer en New York street hustler som gör sitt uppehälle skapa namn-varumärke knock offs, och hans upptäckt att han har en son. Baker regisserade, skrev, samproducerade, sköt och redigerade filmen, som fick en begränsad release den 3 September 2010. Ta ut och Prince of Broadway nominerades till Independent Spirit John Cassavetes Award vid samma ceremoni 2008.

Bakers fjärde funktion, Starlet, var samskriven med Chris Bergoch och stjärnorna Dree Hemingway och Besedka Johnson. Starlet utforskar den osannolika vänskapen mellan 21-årige Jane (Hemingway) och 85-årige Sadie (Johnson), två kvinnor vars liv skär i Kaliforniens San Fernando Valley. Filmen hade sin världspremiär på SXSW den 11 mars 2012 och fick en begränsad release den 9 November 2012. Det öppnade för främst positiva recensioner och har 88% betyg på Rotten Tomatoes.

Bakers femte funktion, Tangerine, följer en transgender sexarbetare som upptäcker att hennes pojkvän och Hallick har fuskat på henne. Filmen spelades in med tre iPhone 5S-smartphones och fick beröm för sina banbrytande filmskapande tekniker. Tangerine har Kitana Kiki Rodriguez, Mya Taylor, Karren Karagulian, Mickey O ’ Hagan och James Ransone, och var verkställande producerad av Mark Duplass och Jay Duplass. Baker skrev igen manuset med Bergoch; han samproducerade också, co-shot, och redigerade filmen. Det hade sin världspremiär på 2015 Sundance Film Festival den 23 januari 2015 och fick en begränsad release den 10 juli 2015. Den fick extremt positiva recensioner och har för närvarande 97% betyg på Rotten Tomatoes.

Bakers sjätte funktion, the Florida Project, hade premiär i avsnittet regissörernas två veckor av filmfestivalen i Cannes 2017 och släpptes teatraliskt i USA den 6 oktober 2017 av A24. Återigen redigerade Baker filmen själv och skrev manuset med sin frekventa medarbetare Chris Bergoch. Handlingen följer en 6-årig flicka som bor i ett motell med sin upproriska mamma i större Orlando när de försöker hålla sig borta från problem och få slut. Filmen berömdes för sina föreställningar (särskilt Willem Dafoe som motellchef) och Baker ’ s regi, och valdes av både National Board of Review och American Film Institute som en av årets 10 bästa filmer. Dafoe fick nomineringar för Bästa biroll vid Oscars, Golden Globes och BAFTA Awards.

i November 2020 tillkännagavs att produktionen på Bakers sjunde långfilm nästan var klar. Red Rocket kommer att spela Simon Rex och ligger i Texas. Baker regisserade, skrev och samproducerade filmen med sitt vanliga team av Bergoch och Tsou bland andra. Filmningen ägde rum i hemlighet mitt i COVID-19-pandemin, men ”säkerhetsprotokoll för industristandard” observerades. Plot detaljer fortsätter att hållas hemliga.

Baker är också en av de ursprungliga skaparna av sitcom Greg the Bunny, med Seth Green och Eugene Levy i huvudrollen. Showen är baserad på en serie korta segment som Baker regisserade och skrev, som sändes på Independent Film Channel och som i sin tur baserades på en TV-show med allmän tillgång som heter Junktape. 2010 skapade Baker, Spencer Chinoy och Dan Milano en spinoff som heter Warren The Ape; serien sändes på MTV och avbröts efter en säsong.