Southeastern University grundades 1935 i New Brockton, Alabama av Assemblies of God Alabama District superintendent J. C. Thames och andra sydöstra distriktsledare som Alabama Shield of Faith Institute. Det döptes om till sydöstra Bibelinstitutet (SEBI) 1936. Ursprungligen belägen i en tidigare gymnasiebyggnad i New Brockton, Alabama, öppnade den sina dörrar för studenter den 4 November 1935 under ledning av fyra fakultetsmedlemmar. Två år senare, i maj 1937, hölls de första examensövningarna. Sjutton studenter fick examensbevis för det tvååriga akademiska programmet.

SEBI fortsatte klasserna i New Brockton fram till 1940 då ett beslut fattades att konsolidera skolan med Beulah Heights Bible Institute i Atlanta, Georgia. Skolan var känd från 1940 till 1942 som Beulah Heights—South-Eastern Bible Institute. Hösten 1942 accepterade distriktscheferna i de sydöstra distrikten inbjudan från Pastor Ralph Byrd och hans församling att flytta skolan till en annan plats i Atlanta där den återigen döptes om till SEBI. 1946 röstade skolans styrelse för att säkra en permanent plats för skolans fulla utveckling. En ny campusplats köptes senare samma år i Lakeland, Florida. Atlanta campus såldes och utvecklingen av den nya webbplatsen började. Studentkroppstillväxten fortsatte på det nya centrala Florida campus tillsammans med det akademiska programmet.

Bush Chapel

SEBI blev sydöstra Bibeln College i 1956 när skolan började erbjuda fyra år, ungkarl utbildningsprogram. Efter att ha lagt till utbildningsgrader ändrade högskolans styrelse skolnamnet till Southeastern College of the Assemblies of God 1977. 1986 beviljades Southeastern regional ackreditering av Southern Association of Colleges and Schools Commission on Colleges. Ackreditering bekräftades 1991, 2001 och 2011. År 2005 blev Southeastern College officiellt Southeastern University och började erbjuda sina första magisterexamen och bildade colleges of arts and sciences, business, Christian ministries and religion och education. Sedan dess har universitetet också bildat högskolor för beteende-och samhällsvetenskap och natur-och hälsovetenskap. År 2014 började det sitt första doktorandprogram, EdD.

under 2011 genomförde Southeastern flera initiativ som resulterade i snabb tillväxt. Från 2 500 studenter 2012 utvidgades skolan till 4 538 hösten 2015, en tillväxttakt på 78% sedan 2011. 2012 godkände Southeastern tillägget av ett omvårdnadsprogram och tillägget av ett college fotbollslag. Fotbollsutvidgningen inkluderade byggandet av en stadion med plats för 3500 åskådare och ett idrottsutbildningscenter. Southeastern Fire fotbollslag spelade sitt första hemmamatch hösten 2014. År 2014 öppnade skolan också nya baseball-och fotbollsanläggningar. År 2015 började byggandet av flera nya akademiska byggnader, ett nytt atletiskt komplex inklusive ett gymnasium och ett 8-fälts spår. Hösten 2015 öppnade Southeastern en ny 27 000 kvadratmeter natur-och Hälsovetenskapsbyggnad. Den nya anläggningen inkluderar ett auditorium, kemilaboratorier, datalaboratorier, provrum, patientvårdsrum och ett simuleringslaboratorium för omvårdnad. Sommaren 2015 rivdes Spence Hall, Lindsey Science Building och Music Hall för att ge plats för Live/Learn-anläggningen, känd som Buena Vida. Anläggningen på 125 000 kvadratmeter slutfördes hösten 2016 och inkluderar klassrum, fakultetskontor, studentbostäder och en maträtt. Det första segmentet av Buena Vida, kör-och Repetitionshallen, öppnade i September. Den totala kostnaden för expansionsprogrammet kommer att ligga mellan 25 och 50 miljoner dollar.

Southeastern erbjuder 55 kandidatexamen, 16 magisterexamen och två doktorsexamen. Sedan president Kent J. Ingle kom till sydöstra 2011 har universitetet lanserat 80 förlängningsplatser över hela landet, en ökning från föregående års 50 förlängningsplatser. Platserna är i 29 stater, inklusive Florida, som har 19. De grader som erbjuds på platserna inkluderar en mängd associerade, kandidatexamen och en magisterexamen i ministeriet och ledarskapet.