Merritt skapade och spelar huvudroller i banden The Magnetic Fields, the 6ths, the Gothic Archies och Future Bible Heroes. Han använde kort namnet Baudelaire Memorial Orchestra som en tillskrivning för en sång skriven för Lemony Snicket ’ s en serie olyckliga händelser, med titeln ”Scream and Run Away”. Ytterligare musik spelades in för ljudbokversionerna av serien och tillskrivs de gotiska Arkierna. The Tragic Treasury släpptes av Nonesuch Records i oktober 2006 tillsammans med den 13: e och sista boken i serien.

under sitt eget namn spelade han in och släppte ljudspåren till filmerna Eban och Charley och Pieces of April. Soundtracket till Nickelodeon-showen The Adventures of Pete & Pete innehöll många av hans låtar.

han och regissören Chen Shi-Zheng har samarbetat på tre stycken musikteater; Orphan of Zhao (2003), Peach Blossom Fan (2004) och mitt liv som en saga (2005). Utvalda spår från dessa verk har släppts på Nonesuch Records under titeln Showtunes.

dessutom är han en tredjedel av den sällsynta, levande ensemblen The Three Terrors, vars andra huvudmedlemmar inkluderar 69 Love Songs ’ s Dudley Klute och LD Beghtol. Tidigare teman för dessa föreställningar har inkluderat fransk popmusik, filmteman (inklusive titelsången från Deep Throat), berusning och New York City. Kenny Mellman (av Kiki & Herb), James Jacobs, Daniel Handler, Jon DeRosa och andra har uppträtt med de tre Terrorerna vid dessa sporadiska galahändelser.

Merritt skrev och sjöng ”I’ m in a Lonely Way ” i en tv-reklam för Volvo som sändes sommaren och hösten 2007. Han utförde också”Hjulen på bilen”.

Merritt skrev musiken och texterna för en 2009 Off-Broadway scen musikalisk anpassning av Coraline, en roman av Neil Gaiman. I MCC – teaterproduktionen kommer hans musik att framföras av ett piano ”orkester” – komplett med ett traditionellt piano, ett leksakspiano och ett förberedt piano (ett piano som har fått sitt ljud förändrat genom att fästa föremål – som tennfolie, gummiband och spelkort – till strängarna).

han producerade en poäng för stumfilmen 20 000 ligor Under havet som framfördes på Castro Theatre, San Francisco den 4 maj 2010 som en del av San Francisco International Film Festival.