1999 undersöker Gabriel Logan och hans partner Lian Xing en serie biologiska utbrott som utlöses av den internationella terroristen Erich Rhoemer. När kollegan Ellis tappar kontakten under ett uppdrag i Costa Rica skickar den topphemliga byrån Gabe och Lian för att hitta honom. De upptäcker att Ellis är död, och Rhoemers misstänkta drogoperation är ett skydd för virusoperationen. Ett annat utbrott i Nepal leder till fler frågor när en smittad person som borde ha omkommit på något sätt överlevde.

innan byrån kan förfölja Rhoemer attackerar han Washington, DC och hotar att detonera virala bomber spridda över staden. Gabe kämpar mot flera terrorister, inklusive Mara Aramov, när han följer spåren av bomber över stadens gator, tunnelbanor, Washington Park och slutligen Freedom Memorial där han måste förbränna ammunitionsexpert Anton Girdeux för att stoppa det slutliga hotet. Gabes undersökning tar honom till en ny ledning från PharCom, ett multinationellt läkemedels-och bioteknikföretag som leds av Jonathan Phagan. Costa Ricas plantage växte PharCom-föreningar, vilket betyder att Phagan och Rhoemer samarbetade. Vid PharCom Exposition Center, Gabe skuggar Phagan till ett möte med Aramov och Edward Benton, en uppenbar byrå turncoat som hjälpte Rhoemer under Washington D. C. attack.efter Gabe eliminerar Benton, han räddar Phagan från mordet bara för att få honom att fly. Mara Aramov, nu i förvar, hade försökt hitta Pharcoms viruslaboratorier. Gabe måste avsätta jakten på Phagan för att förstöra Rhoemers bas i Kazakstan. Under sitt uppdrag dödar Rhoemer till synes Lian, men byråchef Thomas Markinson räddar Gabe. Markinson ger Gabe en rapport om viruset som heter siphon Filter, ett biovapen som man kan programmera på en genetisk nivå för att rikta in sig på specifika grupper av människor. Markinson beordrar Gabe att infiltrera Rhoemers fäste i Ukraina för att injicera testpersoner med ett vaccin och lokalisera Phagan, som nu är Rhoemers fånge. I katakomberna berättar Phagan för Gabe att Lian lever och de återförenas. Lian har blivit smittad med Sifonfilter, och hon säger att det inte finns något universellt botemedel.

Mara Aramov anländer för att skjuta Phagan, men hon övertygar Gabe och Lian att hon kom för att hjälpa. De tre reser till Pharcoms lager i hopp om att förhindra Rhoemer från att starta en missil. Lian avslöjar att serumet Gabe injicerat i testpersonerna verkligen var en dödlig kemikalie, och Markinson fick dem dödade. Med hjälp av striderna mellan Rhoemers terrorister och Phagans säkerhetspersonal för att täcka hans insättning, går Gabe ner i en silo och söker efter missilens detonationskoder.

han finner Markinson, som medger att byrån faktiskt var i cahoots med svart stafett hela tiden. Rhoemer arbetade för Markinson, eftersom den senare ville ha viruset i byråns besittning. Han tillät aldrig missilattack, men innan han kan stoppa det, Rhoemer dödar Markinson med en headshot. Gabe måste nå missilens kontrollcenter i tid och förstöra den. Rasande engagerar Rhoemer Gabe i en sista kamp, men dödas med en gasgranat.deras uppdrag slutfört, Gabe och Lian kallar in US Army Chemical and Biological Defense Command (CBDC) för att säkra området. De vet inte hur långt Markinson samarbetade med Rhoemer och Phagan, men Gabe tror att de kanske aldrig vet. I en scen efter krediter närmar sig Aramov en mystisk man inuti byråns huvudkontor och viskar något i hans öra. Han gratulerar henne medan kameran drar tillbaka för att visa PharCom lådor på kontoret.