Times Square Church grundades av David Wilkerson 1987. Just då, Times Square var känt som ett centrum för x-rankade filmer, strippklubbar, prostitution, och narkotikamissbruk. Wilkerson öppnade kyrkan som svar på vad han beskrev som ”de fysiskt fattiga och andligt döda människorna” som han såg bland hallickarna, flyktingarna och sprickhandlarna som befolkade området. Times Square Church höll Kort sina tjänster i rådhuset på 43rd Street på Manhattan och sedan i Nederlander Theatre på 41st Street.

1989 hyrdes kyrkan den tidigare Mark Hellinger Theatre. 1991 köpte den teatern för 17 miljoner dollar. Wilkerson beskrev kyrkan som en evangelisk pingstkyrka ledd av tre pastorer: David Wilkerson, hans bror, Donald Wilkerson och Robert Phillips. Teatern är fortfarande kyrkans nuvarande plats på 51st Street.år 2001 anförde grundande pastor David Wilkerson Senior pastorate till Carter Conlon, tidigare en evangelisk pastor från östra Kanada och associerad pastor vid Times Square Church från 1994-2001. Det finns också besökande ministrar och missionärer som kommer att predika från hela världen. Kyrkan lägger tonvikt på bön och har till och med en ”bön under predikningsministeriet”. Det finns också gymnasium och unga vuxna program för att lära sanningen och kärleken i Guds Ord.

från 2007 till 2009 anordnade kyrkan ett evenemang som heter Prayer in the Square, en bönsamling som ägde rum på Times Square.

den 5 maj 2020 blev Tim Dilena Senior Pastor, den tredje sedan kyrkans grundande. Han hade en livslång förening med grundande pastor David Wilkerson och har regelbundet predikat i kyrkan i många år.