1868 döptes den medeltida staden Edo, säte för Tokugawa-regeringen, om till Tokyo, och kontoren i Tokyo Prefecture (- fu) öppnades. Omfattningen av Tokyo Prefecture var ursprungligen begränsad till den tidigare Edo-staden, men förstärktes snabbt för att vara jämförbar med den nuvarande Tokyo-metropolen. År 1878 delade Meiji-regeringens omorganisation av lokala myndigheter upp prefekturer i län eller distrikt (Pistol, ytterligare indelad i städer och byar, senare omorganiserad liknande preussiska distrikt) och distrikt eller avdelningar (ku) som fanns i vanliga prefekturer städer som helhet, t.ex. dagens Hiroshima Stad (- shi) var då Hiroshima-ku; De tre större städerna Tokyo, Osaka och Kyoto delades var och en upp i flera sådana avdelningar. I Tokyo Prefecture skapade detta 15 avdelningar (listade nedan) och sex län/distrikt.1888 skapade staten den rättsliga ramen för det nuvarande systemet för städer (shi) som beviljade vissa grundläggande lokala autonomirättigheter – med vissa likheter med Preussens system för lokalt självstyre som Meiji regeringsrådgivare Albert Mosse påverkade starkt organisationen av kommunerna. Men under en särskild kejserlig reglering behöll Tokyo City, som Kyoto City och Osaka City, ursprungligen inte en separat borgmästare; istället fungerade den (utsedda) guvernören i Tokyo Prefecture som borgmästare i Tokyo City. Tokyos kommunfullmäktige / församling (Ttubbikytubbi-shikai) valdes först i Maj 1889. Varje avdelning behöll också sin egen församling. Stads-och prefekturregeringen separerades 1898., och regeringen började utse en separat borgmästare i Tokyo City 1898, men behöll lagstiftningen på församlingsnivå, som fortsätter till denna dag i special ward-systemet. Från 1926 valdes borgmästaren av det valda kommunfullmäktige / församlingen från sina egna led. Stadshuset i Tokyo var beläget i distriktet y Askorbrakuch, på en plats som nu ockuperas av Tokyo International Forum.Tokyo blev den näst största staden i världen (befolkning 4,9 miljoner) efter att ha absorberat flera avlägsna distrikt i juli 1932, vilket gav staden totalt 35 avdelningar.1943 avskaffades staden och slogs samman med Tokyo Prefecture för att bilda Tokyo Metropolitan Government, som funktionellt var en del av Japans centralregering: guvernören i Tokyo blev en minister som rapporterade direkt till premiärministern. Detta system förblev på plats fram till 1947 då den nuvarande strukturen i Tokyo Metropolitan Government bildades.