tragediens födelse kritiserades ilsket av många respekterade professionella forskare i grekisk litteratur. Särskilt häftig var filologen Ulrich von Wilamowitz-Moellendorff, som fördömde Nietzsches arbete som slipshod och vilseledande. Uppmanad av Nietzsche svarade Erwin Rohde—en vän som hade skrivit en gynnsam recension som utlöste den första nedsättande debatten om boken—genom att avslöja Wilamowitz-Moellendorfs felaktiga citat av Nietzsches arbete. Richard Wagner gav också ett svar på Wilamowitz-Moellendorfs kritik, men hans handling tjänade bara till att karakterisera Nietzsche som kompositörens lackey.

i sin uppsägning av tragediens födelse säger Wilamowitz:

Herr N. … är också professor i klassisk filologi; han behandlar en serie mycket viktiga frågor om grekisk litteraturhistoria. … Detta är vad jag vill belysa, och det är lätt att bevisa att här också imaginärt geni och fräckhet i presentationen av hans påståenden står i direkt relation till hans okunnighet och brist på kärlek till sanningen. … Hans lösning är att förminska den historiskt kritiska metoden, att skälla någon estetisk insikt som avviker från sin egen, och att tillskriva en ”fullständig missuppfattning av studiet av antiken” till den ålder då filologi i Tyskland, särskilt genom arbete Gottfried Hermann och Karl Lachmann, höjdes till en aldrig tidigare skådad höjd. När Nietzsche antydde att grekerna kunde ha haft problem, avvek han från sin tids vetenskapliga traditioner, som betraktade grekerna som ett lyckligt, kanske till och med naivt och enkelt folk. Verket är en webb av professionell filologi, filosofisk insikt och beundran av musikalisk konst. Som ett arbete inom filologi avvisades det nästan omedelbart, vilket nästan förstörde Nietzsches akademiska ambitioner. Musiktemat var så nära förknippat med Richard Wagner att det blev en förlägenhet för Nietzsche när han själv hade uppnått lite avstånd och självständighet från Wagner. Det står då som Nietzsches första kompletta, publicerade filosofiska verk, ett där ett batteri av frågor ställs, skissartat identifieras och ifrågasätts.

Marianne Cowan, i sin introduktion till Nietzsches filosofi i grekernas tragiska tidsålder, beskriver situationen med dessa ord:

tragediens födelse presenterade en syn på grekerna så främmande för tidens anda och för idealen i sitt stipendium att det fördärvade Nietzsches hela akademiska karriär. Det provocerade broschyrer och motbroschyrer som attackerade honom på grund av sunt förnuft, stipendium och förnuft. Under en tid hade Nietzsche, då professor i klassisk filologi vid universitetet i Basel, inga studenter inom sitt område. Hans föreläsningar saboterades av tyska filosofiprofessorer som rådde sina elever att inte dyka upp för Nietzsches kurser. år 1886 hade Nietzsche själv reservationer om verket, och han publicerade ett förord i 1886-upplagan där han omvärderade några av sina viktigaste problem och tankar i texten. I detta Post-manus, Nietzsche hänvisade till tragediens födelse som ” en omöjlig bok… dåligt skrivet, tungt, pinsamt, bild-galen och bild-förvirrad, sentimental, sackarin till punkten av effeminacy, ojämn i tempo, utan viljan till logisk renlighet.”Ändå försvarade han den” arroganta och rhapsodiska boken ”för att inspirera” kolleger-rhapsodizers ”och för att locka dem till” nya hemliga vägar och dansplatser.”

1888, i Ecce Homo, var Nietzsche tillbaka på attacken. Han försvarar tragediens födelse genom att säga: ”…det är likgiltigt mot politik,— ”un-German”, att använda dagens språk—det luktar offensivt Hegelian, och Schopenhauers likartade parfym håller bara fast vid några få formler. En ’idea’ – motsatsen till Dionysian och Apollinian-översatt till metafysiska; historien själv som utvecklingen av denna’ ide’; i tragedi sublimeras denna antites till en enhet; under detta perspektiv ställs saker som aldrig tidigare mött varandra plötsligt ihop, används för att belysa varandra och förstås… Opera, till exempel, och revolutionen.- De två avgörande innovationerna i boken är för det första dess förståelse av det dionysiska fenomenet bland grekerna: för första gången erbjuds en psykologisk analys av detta fenomen, och det betraktas som en rot till hela grekisk konst. Den andra är förståelsen för Sokratism: Sokrates erkänns för första gången som ett instrument för grekisk sönderdelning, som en typisk d Rationalitet mot instinkt. ’Rationalitet’ till varje pris som en farlig kraft som undergräver livet!- Djup, fientlig tystnad om kristendomen genom hela boken. Det är varken Apollinian eller Dionysian; det förnekar alla estetiska värden – de enda värden som ’tragediens födelse’ erkänner: det är nihilistiskt i den djupaste meningen, medan i den dionysiska symbolen uppnås den ultimata gränsen för bekräftelse. Det finns en anspelning på kristna präster som en ’ ond slags dvärgar ’som är’ underjordiska’…”i titeln på sin roman The Magic Mountain hänvisar Thomas Mann till en passage från tragediens födelse, och påverkan av Nietzsches arbete kan ses i romanens karaktär Mynheer Peepercorn, som förkroppsligar den ”dionysiska principen”.

inom ramen för en kritisk studie av Nietzsches ”ateistiska humanism” ansåg den inflytelserika katolska teologen Henri de Lubac det ”ett geni” och ägnade flera sidor av sin studie för att förklara förhållandet mellan Nietzsches tidiga tanke och kristendom.