han grundade 1984 Bay Area Laboratory Co-operative (BALCO), ett idrottsnäringscenter som först ligger i Millbrae, Kalifornien och senare flyttade till Burlingame, Kalifornien. USA: s antidopingbyrå (USADA) säger att han utvecklade den förbjudna steroiden tetrahydrogestrinon (THG) med hjälp av kroppsbyggande kemist Patrick Arnold. Enligt en grundförhandling som slogs med åklagare, gick han in i skyldiga grunder i juli 2005 till en räkning av konspiration för att distribuera steroider och en andra räkning av tvättning av en del av en check. Han dömdes i oktober för att tillbringa fyra månader i federal Taft Correctional Institution i Taft, Kalifornien, och ytterligare fyra på husarrest.

i December 2004 deltog han i en intervju med Martin Bashir på ABC: s 20/20-program, där han medgav att han körde dopningsprogram, som har brutit olympiska rekord, samt avslöjat det: ”Hela historien om spelen är bara full av korruption, mörkläggning, prestationshöjande droganvändning.”

i intervjun involverade han bland annat femfaldig olympisk guldmedaljör Marion Jones och hennes partner Tim Montgomery, Kelli White (som senare medgav att använda prestationshöjande droger), Brittisk idrottsman Dwain Chambers och NFL-spelare Bill Romanowski.

den 21 December 2006 rapporterade Yahoo Sports att en av Contes första försvarsadvokater, Troy Ellerman, hade riktats av FBI som en möjlig källa till läckage till media under Barry Bonds-sonden. Den 14 februari 2007 erkände Ellerman sig skyldig till läckande vittnesmål från juryn. Det rapporterades också att FBI-agenter var en ytterligare källa till läckage.i maj 2007 hävdade Conte att han återigen tillhandahöll tillskott för Dwayne Chambers, som lämnade friidrott för att spela i NFL Europa league för Hamburg Sea Devils innan han återvände till friidrott 2008. Enligt Conte är dessa näringstillskott, som tillhandahålls via hans företag Scientific Nutrition for Advanced Conditioning, helt lagliga.

den 13 December 2007 uppträdde Conte på CNN innan Mitchell-rapporten officiellt släpptes.