Wafer förklarade sig som en tidig kandidat för NBA-utkastet 2005 efter sitt andra år på FSU trots att många utkastsexperter förutspådde att han inte skulle utarbetas. Det fanns flera hinder som han var tvungen att övervinna för att bli ett genomförbart alternativ för ett NBA-lag att välja honom. Wafer var inte inbjuden till det årliga Chicago pre-draft-lägret, vilket ger spelare som inte ses som utsikter i första omgången en chans att visa sina förmågor framför NBA-lagets personal. Under ett träningspass med Phoenix Suns var Wafer enligt uppgift frustrerad av det fysiska spelet från Jan Jagla och svarade genom att lägga en avsiktlig armbåge mot Jaglas näsa och gick sedan av domstolen och avslutade träningen vid den tiden. Los Angeles Lakers scout Irving Thomas, som spelade två säsonger på FSU, såg tre Seminoles-spel under säsongen 2004-05 och hjälpte till att ordna ett träningspass för Wafer med Lakers. Lakers general manager Mitch Kupchak såg nog av Wafer förmåga att de använde den andra av sina två andra omgången plockar att välja Wafer i utkastet.

Wafer placerades på undantag av Lakers den 26 oktober 2006. Han spelade bara i ett försäsongsspel på grund av en blåslagen vänster häl. Wafer spelade sedan för Colorado 14ers av NBA Development League under 2006-07 och utsågs till månadens spelare i januari 2007. Han undertecknades på ett tio dagars kontrakt av Los Angeles Clippers den 21 februari. Han spelade en minut utan att göra mål innan han avstod en vecka senare. Den 12 April 2007 undertecknade Denver Nuggets Wafer under resten av säsongen 2006-07.

den 21 februari 2008 bytte Denver Nuggets rån till Portland Trail Blazers för Taurean Green. Wafer ändrade sitt nummer från 22 (som han bar med Nuggets) till 24, Eftersom nummer 22 hade gått i pension av Trail Blazers för att hedra Clyde Drexler.

Houston RocketsEdit

Wafer undertecknades av Houston Rockets och lyckades hålla en plats på laget på grund av hans heta skytte i försäsongen. Den 13 januari 2009 gjorde Wafer en karriärhög 23 poäng på 10-14 skott på 39 minuter mot Los Angeles Lakers. Han hittade en vanlig plats i Rockets startlinje på grund av bra prestanda samt en skada på vanlig start Tracy McGrady. Han fortsatte att imponera genom att göra 21 poäng kontra Jazz och slå de spelvinnande tre på ett spel i Boston som Rockets vann 89-85. Under den månaden fick han i genomsnitt 14,3 poäng per match. Efter Wafer flyttade till ett lag i Grekland, Rockets erbjöd honom ett kontrakt halvvägs genom nästa säsong. Han undertecknade kontraktet, men misslyckades med sin fysiska, så han kunde inte gå med i raketerna.

Olympiacos PiraeusEdit

Wafer gick med i den grekiska Euroleague-klubben Olympiacos Piraeus i augusti 2009 och undertecknade ett tvåårigt bruttoinkomstavtal på 10 miljoner dollar. Han avstod sedan av Olympiacos i December 2009. Wafer sköt 36,4% från fältet och var i genomsnitt 3,0 poäng per match och 1,3 returer per match i den grekiska A1-ligan med Olympiacos. I Euroleague-spel sköt han 50% från fältet och fick i genomsnitt 7,7 poäng per match, 1,3 returer per match och 1,0 assist per match.

Dallas MavericksEdit

den 24 februari 2010 tecknade Wafer ett tio dagars kontrakt med Dallas Mavericks. Han förväntades inte knäcka rotationen under sin tid och även om han var berättigad att spela sex matcher avslutade Wafer sitt kontrakt med Dallas utan att spela en enda minut.

Boston CelticsEdit

den 3 juli 2010 undertecknade Wafer ett friagentavtal med Boston Celtics. Den 29 oktober 2010 var han inblandad i ett omklädningsrum med den nya lagkamraten Delonte West.

Vanoli-Braga CremonaEdit

i augusti 2011, under 2011 NBA lockout, tecknade han ett ettårskontrakt med Vanoli-Braga Cremona i Italien.

Orlando MagicEdit

Wafer byttes till Magic den 12 December 2011, tillsammans med Glen Davis för Brandon Bass. Han avstod från magin i slutet av säsongen 2011-12.

flytta till CBAEdit

Wafer flyttade till Kina 2012, tecknade ett ettårskontrakt med Xinjiang Flying Tigers värt 2 miljoner dollar. Han spelade 34 matcher för Xinjiang, i genomsnitt 26,4 poäng med en skytteprocent på 55,4%. Han fick också 4.4 returer, 3,4 assist och 1,1 stjäl per match.

i oktober 2013 undertecknade han med Shanghai Sharks, laget som ägs av hans tidigare lagkamrat Yao Ming vid Rockets. I December 2013 lämnade han hajarna.

Bakersfield JamEdit

den 10 januari 2014 förvärvades han av Bakersfield Jam i NBA Development League. Den 28 januari 2014 avstod han av sylt.

RussiaEdit

den 3 februari 2014 undertecknade han med BC Krasny Oktyabr för resten av säsongen 2013-2014.

Delaware 87ersEdit

den 26 November 2016 återvände Wafer till USA och undertecknade med Delaware 87Ers i NBA Development League.

Westchester KnicksEdit

den 14 December 2016 handlades Wafer till Westchester Knicks i utbyte mot Devondrick Walker.

återgå till CBAEdit

den 27 januari 2017 återvände Wafer till Kina och undertecknade med Jilin Northeast Tigers.