Zanamivir tillverkades först 1989 av forskare under ledning av Peter Colman och Joseph Varghese vid Australian CSIRO, i samarbete med Victorian College of Pharmacy och Monash University. Zanamivir var den första av neuraminidashämmarna. Upptäckten finansierades ursprungligen av det australiensiska bioteknikföretaget Biota och var en del av Biotas pågående program för att utveckla antivirala medel genom rationell läkemedelsdesign. Dess strategi förlitade sig på tillgängligheten av strukturen av influensanuraminidas genom röntgenkristallografi. Det var också känt, så långt tillbaka som 1974, att 2-deoxi-2,3-didehydro-n-acetylneuraminsyra (DANA), en sialinsyraanalog, är en hämmare av neuraminidas.

beräkningskemi tekniker användes för att sondera den aktiva platsen för enzymet, i ett försök att utforma derivat av DANA som skulle binda tätt till aminosyraresterna i den katalytiska platsen, så skulle vara potenta och specifika hämmare av enzymet. GRID-programvaran genom molekylär upptäckt användes för att bestämma energiskt gynnsamma interaktioner mellan olika funktionella grupper och rester i den katalytiska platskanjonen. Denna undersökning visade att en negativt laddad zon uppträder på neuraminidas aktiva plats som ligger i linje med C4-hydroxylgruppen av DANA. Denna hydroxyl ersätts därför med en positivt laddad aminogrupp; 4-amino DANA visade sig vara 100 gånger bättre som en hämmare än DANA, på grund av bildandet av en saltbro med en konserverad glutaminsyra (119) på det aktiva stället. Glu 119 märktes också att vara längst ner i en konserverad ficka på den aktiva platsen som bara är tillräckligt stor för att rymma den större, men mer grundläggande guanidinfunktionella gruppen. Zanamivir, en övergångsstatlig analog hämmare av neuraminidas, var resultatet.

eftersom Biota var ett litet företag hade det inte resurser att föra zanamivir till marknaden av sig själv. 1990 licensierades zanamivir patenträttigheter till Glaxo, nu GlaxoSmithKline (GSK). Licensavtalet gav Biota rätt att få 7% royalty på Glaxos försäljning av zanamivir.

1999 godkändes produkten för marknadsföring i USA och Europa för behandling av influensa A och B. FDA advisory committee hade rekommenderat med omröstning 13 till 4 att den inte skulle godkännas, eftersom den saknade effekt och inte var effektivare än placebo när patienterna var på andra läkemedel som paracetamol. Men FDA-ledningen åsidosatte utskottet och kritiserade sin granskare, biostatistiker Michael Elashoff. Översynen av oseltamivir, som också var i godkännandeprocessen vid den tiden, togs bort från honom och omfördelades till någon annan. 2006 godkändes zanamivir i USA och Europa för förebyggande av influensa A och B.

även om zanamivir var den första neuraminidashämmaren på marknaden, hade den bara några månader ledning över den andra deltagaren, oseltamivir (Tamiflu), med en oral kapselformulering.

När den först marknadsfördes i USA 1999/2000 fångade zanamivir endast 25% av den antivirala marknaden för influensa, trots en enorm kampanjkampanj. I slutet av den säsongen sålde Tamiflu zanamivir 3:1. Under den säsongen upplevde zanamivir globala säkerhetsvarningar med risk för bronkospasm och död. Glaxo minskade sedan marknadsföringen av zanamivir, och Tamiflu dominans ökade. Mer än us $ 20 miljoner av zanamivir som såldes av Glaxo under den första amerikanska säsongen återvände till företaget under de kommande två säsongerna eftersom försäljningen till patienter var mycket mindre än väntat.

Biota inledde rättsliga förfaranden 2004 och hävdade att Glaxos minskade marknadsföring av zanamivir var ett avtalsbrott. Biota hävdade cirka 700 miljoner dollar från Glaxo. Efter att Biota tillbringade fyra år på att försöka utveckla sitt ärende och ådra sig 50 miljoner dollar i rättegångskostnader övergav företaget fordran i juli 2008 och återhämtade sig bara 20 miljoner dollar, inklusive rättegångskostnader efter avveckling vid medling. Biota hade vägrat ett tidigare taktiskt erbjudande från Glaxo på 75 miljoner dollar plus juridiska kostnader.

i augusti 2006 meddelade Tyskland att det skulle köpa 1, 7 miljoner doser zanamivir, som en del av sin beredningsstrategi mot fågelinfluensa. ”Tysklands köp visar att länder börjar ta en balanserad syn på influensaberedskap”, säger Simon Tucker, forskningschef vid Melbourne-baserade Biota, där zanamivir ursprungligen utvecklades.

i April 2009 rapporterades många fall av svininfluensa (H1N1-typvirus) i USA och Mexiko. Zanamivir är ett av endast två läkemedel som föreskrivs för att behandla det. En studie som publicerades i juni 2009 betonade det akuta behovet av förstärkning av oseltamivir-lager, med ytterligare antivirala läkemedel inklusive zanamivir, baserat på en utvärdering av dessa läkemedels prestanda i scenariot att 2009 H1N1 svininfluensa neuraminidas (NA) skulle förvärva mutationen Tamiflu-resistens (His274Tyr), som för närvarande är utbredd i 99,6% av alla testade säsongsbundna H1N1-stammar.

i januari 2011 meddelade GSK att man skulle påbörja fas III-studier för intravenös zanamivir i en studie som kommer att omfatta 20 länder i norra och södra halvklotet.