de zwaneneilanden werden ontdekt door Christopher Columbus in 1502 en werden de islas de Las Pozas genoemd. In de 18e eeuw werden ze omgedoopt tot de Swan Islands, naar kapitein Swan, de kapitein van het Cygnet, die piraten gevangen namen en gedwongen om zich bij hen aan te sluiten.Amerikaanse ondernemers begonnen in de jaren 1840 met de export van guano als kunstmest. de Amerikaanse “Atlantic and Pacific Guano Company” werd in de jaren 1840 opgericht en begon met de export van kunstmest, gebaseerd op guano verzameld op de Swan Islands. In 1856 claimden de Verenigde Staten de eilanden. In April 1857 claimde John Valentine White de eilanden op grond van de Guano Islands Act; later dat jaar droeg hij alle interesse in deze eilanden over aan Charles Sterns, Joseph W. Fabens en Duff Green. Messers Sterns, Fabens en Green vormden de Atlantic and Pacific Guano Company, die in 1858 50.000 aandelen tegen een prijs van $100 elk voor een totale kapitalisatie van $5.000.000 uitgaf. Het bedrijf gaf zelfs valuta uit, ondertekend door William H. Whitfield, in 25 cent, 50 cent en een dollar coupures op 1 juni 1867, om de handel op de eilanden te vergemakkelijken.vervolgens kocht een chemisch bedrijf de eilanden, maar werd insolvent. Kapitein Alonzo Adams zeilde er in 1893 en nam bezit van de eilanden; in 1904 gaf hij het eigendom aan de Swan Island Commercial Company. Dat bedrijf verhuurde een deel van Great Swan Island aan de United Fruit Company, die kokospalmen verbouwde en een draadloos radiostation oprichtte voor het onderhoud van hun Caraïbische vloot, maar uiteindelijk de huurovereenkomst verliet. De Swan Island Commercial Company leverde orkaanmonitoringgegevens van 1928 tot 1932. Het Amerikaanse weerbureau bemande vanaf 1938 een orkaanweerstation op Great Swan, maar bemande het alleen tijdens orkaanseizoenen.tijdens de Tweede Wereldoorlog werden zowel de Amerikaanse marine als het Amerikaanse weerbureau op het eiland gestationeerd. In de late jaren 1940 tot 1949, Swan Island werd een U. S. Department of Agriculture animal quarantine station voor de invoer van rundvlees. In 1914 richtten de huidige National Weather Service (NWS) en later de Federal Aviation Agency (FAA) meteorologische en communicatiemiddelen op Swan op om luchtvaartdiensten en orkaanvoorspellingen te ondersteunen. De FAA verliet Swan Island in de jaren 1960, waardoor de NWS alle activa en verantwoordelijkheden achterlieten. Honduras claimde deze eilanden vanaf 1923 en beweerde dat, omdat Columbus de eilanden had ontdekt tijdens het zeilen naar Spanje, ze eigendom moesten zijn van het dichtstbijzijnde Spaanstalige land. Zowel de Verenigde Staten als Honduras claimden de Swan Islands totdat de Verenigde Staten hun claim op grond van de Guano Islands Act lieten vallen. Een verdrag werd ondertekend op 22 November 1971 en duidelijke titel Door Honduras werd van kracht op 1 September 1972. De eigenaar van het eiland was al lang in discussie. De Sumner Smith familie heeft altijd behouden hun eigendom en, blijkbaar, had een aantal status in de U.S. courts. Toch koos de Amerikaanse regering ervoor om ondanks deze status afstand te doen van haar claim (ref. D s Platt, et al., NOAA-NWS). De eilanden kregen bekendheid in de vroege jaren 1960 van de activiteiten van Radio Swan, die begon uit te zenden in mei 1960 tijdens de voorbereiding en, later, het uitvoeren van de Varkensbaai invasie van Cuba. Het station werd eind jaren 60 van de eilanden verwijderd, waarna de hoofdzender werd overgebracht voor gebruik in de Vietnamoorlog.in 1965, Bellaire, Texas, ondervroeg de politie een voormalige Bellaire High School student over zijn rol in een tiener “leger” gewijd aan het bevrijden van “onderdrukte landen,” de Houston Chronicle gemeld. De groep, genaamd de Kononiers, bestond ongeveer vijf jaar, vertelde de student aan de krant, en was gewapend door een reeks inbraken van de Deep River Armory winkel. De wapens werden naar het Addicks Reservoir gebracht, waar ze trainden voor de strijd. De jongeren waren aan het trainen voor “Operation Liberation Swan Island” voor Honduras.in 1987 meldde De Los Angeles Times dat de CIA en andere Amerikaanse overheidsinstellingen een geheime trainingsfaciliteit hadden op Swan Island voor Nicaraguaanse Contra ‘ s. In 1989 verklaarde de president van Honduras, Rafael Leonardo Callejas, het eiland tot beschermd natuurreservaat.in oktober 1998 trok orkaan Mitch door het gebied met windsnelheden van 290 km / u.in 2001 kondigde Swan Island Development, LLC, van Brooksville, Florida, plannen aan om de Swan Islands tegen 2010 te ontwikkelen, in samenwerking met de regering van Honduras. Luxe onroerend goed en hotels, ter waarde van vijf miljard dollar, werden voorzien, met een belangrijke stad genaamd Cygnet. In 2004 kondigde Swan Island Development ook plannen aan om een onderzoekscentrum voor menselijke stamcellen op te richten. Sinds 2021, Geen van beide heeft plaatsgevonden.