in 1999 onderzoeken Gabriel Logan en zijn partner Lian Xing een reeks biologische uitbraken veroorzaakt door de internationale terrorist Erich Rhoemer. Wanneer collega-agent Ellis contact verliest tijdens een missie in Costa Rica, stuurt de top-secret Agency Gabe en Lian om hem te vinden. Ze ontdekken dat Ellis dood is, en Rhoemer ‘ s vermoedelijke drug operatie is een dekmantel voor de virale operatie. Een andere uitbraak in Nepal leidt tot meer vragen wanneer een besmet persoon die op de een of andere manier had moeten sterven overleefde.voordat het Agentschap Rhoemer kan vervolgen, valt hij Washington, D. C. Aan en dreigt virale bommen te laten ontploffen verspreid over de stad. Gabe vecht tegen verschillende terroristen, waaronder Mara Aramov, terwijl hij het spoor van bommen volgt door straten, metro ‘ s, Washington Park en tenslotte Freedom Memorial waar hij munitiedeskundige Anton Girdeux moet verbranden om de laatste dreiging te stoppen. Gabe ‘ s onderzoek brengt hem naar een nieuwe aanwijzing van PharCom, een multinationaal farmaceutisch en biotechnologisch bedrijf geleid door Jonathan Phagan. De Costa Ricaanse plantage verbouwde PharCom verbindingen, wat betekent dat Phagan en Rhoemer werkten samen. In het PharCom Exposition Centre volgt Gabe Phagan naar een ontmoeting met Aramov en Edward Benton, een schijnbare agent die Rhoemer assisteerde bij de aanval in Washington D. C.nadat Gabe Benton elimineert, redt hij Phagan van de moord om hem te laten ontsnappen. Mara Aramov, nu in hechtenis, had geprobeerd PharCom ‘ s viruslaboratoria te lokaliseren. Gabe moet de jacht op Phagan opzij zetten om Rhoemer ‘ s basis in Kazachstan te vernietigen. Tijdens zijn opdracht vermoordt Rhoemer Lian, maar Agentuurdirecteur Thomas Markinson redt Gabe. Markinson geeft Gabe een rapport over het virus genaamd Syphon Filter, een biowapen dat men kan programmeren op een genetisch niveau om specifieke groepen mensen te richten. Markinson beveelt Gabe om Rhoemer ’s Bolwerk in Oekraïne te infiltreren om proefpersonen te injecteren met een vaccin en Phagan te vinden, die nu Rhoemer’ s gevangene is. In de catacomben vertelt Phagan Gabe dat Lian leeft, en ze herenigen zich. Lian is besmet met Syphon Filter, en ze zegt dat er geen universele remedie.Mara Aramov arriveert om Phagan neer te schieten, maar ze overtuigt Gabe en Lian dat ze kwam helpen. De drie reizen naar PharCom ‘ s magazijnen in de hoop Rhoemer te verhinderen een raket te lanceren. Lian onthult dat het serum dat Gabe in de proefpersonen injecteerde een dodelijke chemische stof was, en Markinson liet ze vermoorden. Met behulp van de gevechten tussen Rhoemer ’s terroristen en Phagan’ s beveiligingspersoneel om zijn insertie te verbergen, Gabe daalt af in een silo en zoekt naar de ontstekingscodes van de raket.hij vindt Markinson, die toegeeft dat het Agentschap de hele tijd onder één hoedje speelde met Black Baton. Rhoemer werkte voor Markinson, omdat de laatste het virus in het bezit van het Agentschap wilde. Hij stond de raketaanval nooit toe, maar voordat hij het kan stoppen, doodt Rhoemer Markinson met een hoofdschot. Gabe moet het controlecentrum van de raket op tijd bereiken en vernietigen. Razend pakt Rhoemer Gabe aan in een laatste gevecht, maar wordt gedood met een gasgranaat.Gabe en Lian roepen het U. S. Army Chemical and Biological Defense Command (CBDC) op om het gebied te beveiligen. Ze weten niet hoe ver Markinson met Rhoemer en Phagan samenwerkte, maar Gabe denkt dat ze het misschien nooit zullen weten. In een post-credit scene benadert Aramov een mysterieuze man in het hoofdkantoor van het Agentschap en fluistert iets in zijn oor. Hij feliciteert haar terwijl de camera zich terugtrekt om PharCom dozen in het kantoor te laten zien.