nadat hij in eenzame opsluiting werd vastgehouden, wordt Thomas uiteindelijk vrijgelaten door Janson (bijgenaamd De “Rat Man”), de assistent-directeur van WICKED (World In Catastrophe Killzone Experiment Department). Janson vertelt de Gladers (Groep A) en groep B dat het grootste deel van hun aantal immuun zijn voor de Flare, maar sommige, wiens namen hij leest, zijn niet immuun, met inbegrip van salamanders. De Gladers krijgen de kans om de mind-control chips in hun hoofd te verwijderen en hun herinneringen te herstellen, maar ten koste van Thomas ‘ vermogen om telepathisch te communiceren met Teresa en Aris. Alleen Thomas, Minho en Newt kiezen ervoor om de operatie niet te ondergaan, omdat ze WICKED niet vertrouwen, en Thomas wil niet weten wie hij was toen hij hielp om het doolhof te creëren. Alle drie ontsnappen ze aan WICKED met de hulp van Brenda en Jorge voordat hun chips worden verwijderd.Brenda en Jorge blijken voor WICKED te werken. Thomas voelt zich in eerste instantie verraden, maar Brenda overtuigt hem om haar te vergeven. Kort daarna ontdekken de Gladers dat iedereen die de geheugenherstel had ondergaan hen in de steek liet. Newt geeft Thomas een briefje en vertelt hem om het te openen ” wanneer de tijd rijp is.”De vijf reizen dan naar Denver om Hans te vinden, een voormalige slechte onderzoeker die hun mind-control chips kan verwijderen. Daar stuurt een man in een zwart pak hen naar een adres, waar Gally op hen wacht. Gally heeft zich aangesloten bij de rebellengroep the Right Arm en legt uit dat WICKED elk immuun dat het kan vinden vangt om een nieuwe cyclus van de Proeven voor te bereiden. Hij onthult ook dat in de rottende steden, velen leven die lijden aan de Flare, maar nemen de illegale drug Bliss, die vertraagt het functioneren van de hersenen en helpt om de pijn die Cranks voelen van de Flare te verlichten.

De groep vindt Hans, die Minho ‘ s control chip verwijdert. Echter, WICKED gebruikt Thomas ‘ chip om hem te dwingen om de procedure te weerstaan. Brenda, Jorge en Minho moeten hem vasthouden zodat Hans de operatie uitvoert. Daarna bezoekt de groep een café, waar een bewaker Thomas arresteert om hem te verkopen aan premiejagers, die hem naar WICKED zullen brengen. Janson komt tussenbeide in een holografische, stuurt een politievoertuig om Thomas te redden, en vertelt hem dat hij moet terugkeren naar WICKED ” om Newt te redden.”Thomas en zijn vrienden ontdekken in een notitie dat Newt naar de Cranks is gebracht. Minho overtuigt hen om naar het Denver Crank Palace te gaan om Newt te redden, waar ze de bewakers omkopen om binnen te komen. Wanneer ze Newt ontmoeten, beveelt hij hen boos om te vertrekken, en de andere Cranks jagen hen weg. Thomas herinnert zich Newts briefje, leest het en ontdekt dat hij Thomas had gesmeekt hem te doden. Thomas is wanhopig omdat hij het briefje niet eerder gelezen heeft.

na terugkeer naar Denver ziet Thomas dat Newt is bezweken aan de Flare. Thomas beantwoordt de smeekbeden van Newt door hem in het hoofd te schieten als een daad van genade. De groep ontdekt dan dat Teresa en de andere Immunes gevangen zijn genomen. Na het uitschakelen van de bewakers, ontdekken ze dat de bewakers werden geleid door Vince, de leider van de rechterarm, die uitlegt dat ze infiltreren in het hoofdkwartier van WICKED. Binnen ontdekt Thomas hoe Janson zijn poging “om Newt te redden” gebruikte om gegevens te verzamelen voor de genezing door de fysieke structuur van Thomas ‘ hersenen te onderzoeken, wat hem zou doden. Thomas wordt gedwongen om de dodelijke hersenoperatie te beginnen, maar slaagt erin om een apparaat te plaatsen dat de wapens van WICKED uitschakelt, waardoor de rechterarm de faciliteit kan bestormen.Thomas wordt wakker en vindt een briefje van kanselier Ava Paige, het hoofd van WICKED, die uitlegt dat er al genoeg middelen zijn om een blauwdruk te maken voor de genezing. Paige onthult de locatie van de Immunes “verkocht” door de rechterarm om toegang te krijgen tot WICKED, en ze geeft aanwijzingen naar een “veilige plaats” waar Thomas ze allemaal mee moet nemen. Thomas en zijn vrienden keren terug naar het doolhof en vinden de gevangen Immunes. Echter, ze leren dat de rechterarm van plan is om te vernietigen, in plaats van te bezetten, boze hoofdkwartier. Explosies rock het doolhof, en vallend puin doodt een aantal van de Immunes die binnen zijn. Getriggerd door de commotie, komen de Grievers uit de opslag, maar Teresa laat Thomas zien hoe ze uit te schakelen. Thomas vindt een achterdeur; die blijkt een platte Trans te zijn. Ze beginnen met het hoeden van de immuun kinderen door de platte Trans maar voordat Thomas en zijn vrienden kunnen ontsnappen, Janson en de bewakers hoek hen. Ze beginnen een gevecht dat eindigt wanneer Thomas Janson wurgt. Teresa sterft echter ook aan vallend puin in een poging om Thomas ‘ leven te redden. Op de vlucht van het gebouw ontsnappen de Immunen door de platte Trans die leidt naar een weelderig paradijs.

de epiloog wordt verteld door Paige. Ze onthult dat na de catastrofale zonnevlammen, de vlam opzettelijk werd gecreëerd en vrijgegeven door de overheid als een vorm van bevolkingscontrole. Echter, de regering en WICKED vonden zichzelf niet in staat om de pest te beheersen. Paige realiseerde zich dat ze nooit een remedie voor de vlam zouden vinden en dat WICKED ‘ s inspanningen zinloos waren. Ze realiseerde zich dat de enige hoop om het uitsterven van de mensheid te voorkomen was dat Immunen hun eigen samenleving zouden beginnen, weg van de rest van de wereld. Ze bedacht een plan met Brenda en Jorge om hen naar een veilige plek te sturen waar ze de menselijke beschaving konden herstellen en dus zei ze: “slecht is goed.”