op een dag stopte een collega bij mijn werkbank om te vragen welk wasmiddel het kernmembraan niet zou breken. Op basis van mijn eerdere ervaring met zachte wasmiddelen in lysis buffers, antwoordde ik, “NP-40”. We hadden echter twee merken NP-40. Een nadere blik op de datasheets onthulde dat de chemische namen verschillend waren, hoewel ze hetzelfde acroniem gebruikten.

zou een wasmiddel met een andere naam Lyse als zoet?

Ik deelde de verbaasde blik van mijn collega’ s toen we hadden ontdekt dat niet elke NP-40 hetzelfde is. Maar zou het een verschil maken? In het algemeen, kunnen zoogdiercellen voor eiwitextractie met buffers zoals RIPA-buffer worden lysed. Gewoonlijk bevat RIPA buffer een niet-ionisch wasmiddel zoals NP-40 dat hele organellen zal scheiden. Andere niet-ionische detergenten zijn Triton X-100, Triton X-114 en Tween-20. Afhankelijk van het celtype en de toepassing, kan de concentratie van detergent die u gebruikt (over het algemeen 0,1 – 2 %), resulteren in de cytoplasmatische inhoud en de nucleaire inhoud vervuilen elkaar. Als uw doel is om uw favoriete eiwit te detecteren in een hele cel lysaat door Western blot, hogere concentraties van detergent zijn gunstig. Echter, mijn collega wilde subcellulaire fractionaties uitvoeren, specifiek nucleaire extracties. Preparaten van deze monsters hebben de neiging om een veel lagere concentratie van detergent nodig om membraanverstoringen in de eerste lysis stap te minimaliseren.

de fout in mijn antwoord aan mijn collega was dat ik niet volledig rekening hield met het gewenste resultaat van cellysis. Ze wilden de lokalisatie van het eiwit evalueren, niet alleen om de overvloed ervan in de hele cel te bepalen. Toch … was NP-40 het juiste wasmiddel voor de klus?

het acroniem “NP-40” kan verwijzen naar twee chemische stoffen met de volgende IUPAC-Namen:

• Octylfenoxypolyethoxyethanol: straatnaam IGEPAL™
• Nonylfenoxypolyethoxyethanol: straatnaam Tergitol™

Er is slechts één verschil tussen de twee chemische stoffen, namelijk het aantal alkylgroepen (vetgedrukt). Ondanks dit, en verschillen in hun straatnamen, beide flessen zeggen gewoon “NP-40”.

Wat zit er in een naam?

na onderzoek naar de oorsprong van de ongrijpbare term “NP-40”, ontdekte ik dat de huidige commercieel verkrijgbare NP-40 merken worden beschouwd als substituten van Nonidet P-40 van de niet meer bestaande Shell Chemical Company, die vaak wordt afgekort als NP-40. Na de stopzetting van Shell ‘ s Nonidet P-40, begonnen andere bedrijven zoals Sigma-Aldrich en PanReac AppliChem te distribueren wat “Nonidet P-40 substituten”wordt genoemd. Twee belangrijkste handelsmerk namen ontstaan: IGEPAL™ en Tergitol™. Omdat Igepal en Shell ‘ s Nonidet P-40 de chemische naam van octylfenoxypolyethoxyethanol hebben, is IGEPAL het chemisch meest vergelijkbaar met het beëindigde detergent.

Met alle achtergrondkennis van uw arsenaal, is het terug naar de vraag van mijn collega. Over het algemeen, subcellulaire fractionering vereist een detergent concentratie van zo weinig als 0,1% Nonidet P-40 (Ik heb gezien 0,05% worden gemeld in publicaties) en dit zou kunnen zijn IGEPAL, Tergitol, of een van de andere Nonidet P-40 substituten. Dus, een betere manier om de vraag van mijn collega te beantwoorden zou zijn geweest om te zeggen: “Ik zou aanraden om te beginnen met 0.1% Nonidet P-40.”. Ik zou ook aanraden het documenteren van het merk van Nonidet P-40 dat ze besluit te gebruiken voor reproduceerbaarheid doeleinden. Er zijn empirische gegevens die de specifieke merken noteren. Een dergelijke publicatie had de tijd genomen om de opbrengsten van gepolymeriseerde tubuline in buffers met verschillende merken van Nonidet P-40, met inbegrip van het beëindigde merk, te vergelijken om de potenties van het detergens te bepalen. Spoiler alert: de huidige merken van Nonidet P-40 zijn effectiever in het isoleren van gepolymeriseerde tubuline dan het beëindigde merk!

naam verwarring: Geef de chemici de schuld!

deze anekdote deed me denken aan een ander voorbeeld waarin de namen van laboratoriumreagentia de Geest konden vertroebelen. Wat is het verschil tussen een protease en een proteïnase? Net als in het geval van “NP-40”, heeft het verhaal achter de term “proteïnase” alleen maar geleid tot verwarring in de literatuur. Heb je gehoord van proteïnase K? Een populair gebruik voor proteinase K is in DNA-extractie. Waarom wordt protease K niet genoemd? Volgens een brief uit 1986 van biochemisch tijdschrift, is “protease” een bredere term voor de splitsing van de peptidebindingen, die omhoog de ruggengraat van proteã nen vormen. Nochtans, kunnen proteasen korte secundaire structuren/peptides evenals tertiaire structuren/proteã nen splijten (denk Biochemie 101). Daarom kwam de term “proteinase” naar voren als een manier om een protease te identificeren die tertiair-gestructureerde proteã nen splijt. Echter, de huidige laboratoria hebben de neiging om te praten over proteasen met uitzondering van, bijvoorbeeld, proteïnase K. Je zou gelijk hebben als je zei “protease K”, maar dan kunt u moeite hebben om het te vinden in een inventaris.

dus, zal de echte NP-40 stand-up? Lijkt erop dat Eminem op zoek zou zijn naar ofwel de beëindigde Shell Chemical Company merk van Nonidet P-40 of IGEPAL. Voor uw specifieke toepassing is het echter de moeite waard om meer empirische gegevens te verzamelen over het merk NP-40 dat u wilt gebruiken. Persoonlijk, zou ik liever” NP-40 “te worden geëlimineerd uit onze woordenschat te worden vervangen door de rechtmatige “Nonidet P-40”, maar hier zijn we – “tomaat” of “tomaat”, denk ik!

1. Sinka s, Field JJ, Miller JH (2017). Gebruik van vervangende Nonidet P-40 nonionische detergentia in intracellulaire tubulinepolymerisatiebepalingen voor screening van microtubule targeting agents. Cel Biol. 95: 379-384.
2. S. Department of Agriculture (2015). Nonfenylethoxylaten. Washington, D. C.: Pesticide Research Institute, USDA National Organic Program. Barrett AJ, McDonald JK (1986). Nomenclatuur: protease, proteïnase en peptidase. Biochem J 237: 935.