TEXT

infekce Dolních dýchacích cest jsou hlavní příčinou infekčních onemocnění-související hospitalizace ve Spojených Státech (13). Dříve jsme určili frekvenci specifických virových infekcí spojených s akutními stavy dýchacích cest vedoucími k hospitalizaci (5). Pacienti zařazení do studie byli přijati do veřejné nebo soukromé nemocnice a infekce respiračních virů byly identifikovány buněčnou kulturou a sérologickými studiemi. Protože počet respiračních virových infekcí spojených s onemocněním dýchacích cest může být zvýšena použitím reverzní transkripce-PCR (RT-PCR), testy (3, 6), jsme použili tyto testy vzorků odebraných a zrušil pro tento účel více než 2-leté období, aby se zjistilo, zda další respirační virové infekce může být identifikován v této kohortě.

podrobnosti o klinické studii byly popsány dříve (5). Stručně řečeno, účastníci studie byly osoby všech věkových kategorií, kteří byli hospitalizováni na Ben Taub Všeobecné Nemocnice nebo St. Luke ‚ s Episcopal Hospital v Houston, TX, s akutní respirační onemocnění (zápal plic, tracheobronchitidy, bronchiolitidy, záď, exacerbace astmatu nebo chronické obstrukční plicní nemoci , nebo městnavé srdeční selhání). Vzorky dýchacích cest (nosní výplach nebo výtěr z krku) a vzorky séra byly odebrány v mediánu 1 den hospitalizace. Tato podstudie byla provedena na účastnících zapsaných od 1. září 1993 do konce studie v květnu 1995. Respirační vzorek byl v době odběru smíchán s telecím infuzním vývarem jako stabilizátor, transportován do laboratoře na mokrém ledu a naočkován na buněčnou kulturu. Zbývající vzorek byl alikvotován a zmrazen při <-70°C, dokud nebyl testován pomocí molekulárních testů (popsaných níže). Obecně byly vzorky podrobeny jednomu nebo dvěma zmrazením, aby se vytvořila cDNA pro počáteční testování. Vzorek rekonvalescenční fáze séra byl získán o 14 až 42 dní později. Všechny subjekty poskytly informovaný souhlas podle protokolu schváleného institucionální revizní komisí Baylor College of Medicine.

metody použité pro buněčnou kulturu a sérologii byly popsány dříve (5). Buněčné kultury, testy byly testovány na typ a a B, viry chřipky, parainfluenzy virus (PIV) typy 1 až 3, respirační syncytiální virus (RSV), rinoviry, enteroviry, herpesviruses, a adenoviry. Sérologické testy byly provedeny tak, jak bylo popsáno výše (5) na párových vzorcích séra pro viry chřipky A A B, typy piv 1 až 3, RSV a koronaviry 229E a OC43.

RT-PCR testy byly provedeny pomocí dříve popsané real-time RT-PCR testy na chřipku A a B, viry a coronaviry OC43 a 229E (3). PIV typy 1 až 3 (PIV1, PIV2, a PIV3, respektive), RSV, lidský metapneumovirus (HMPV), a pikornavirus infekce byly identifikovány pomocí dříve popsané RT-PCR testech následuje Southern blot hybridizace (3). Vzorky pozitivní na pikornavirus byly dále klasifikovány pomocí RT – PCR testů specifických pro rhinovirus a enterovirus v reálném čase, pokud pro tyto testy zůstal dostatečný vzorek (8, 11).

během 2letého studijního období se u 364 osob vyskytlo celkem 403 samostatných onemocnění. Sedmdesát šest respiračních virů (kromě viru herpes simplex a cytomegaloviru) bylo izolováno ze 75 vzorků onemocnění odebraných během studovaného období. Jednalo se 26 picornaviruses, 21 RSV, 19 chřipkových virů, 4 adenoviry, a 2 každý z PIV1, PIV2, a PIV3 (Tabulka 1). Třicet nemocí (ze 136 testovaných párových sér) mělo také 33 infekcí identifikovaných sérologií, z nichž 11 bylo identifikováno kulturou (6 podtypů chřipky A H3N2, 4 RSV a 1 chřipka B). Dodatečné infekce označeny sérologie ale ne o kultuře ceně sedmi A/H3N2, tři, každý z RSV, PIV2, PIV3, a OC43, a jeden každý z A/H1N1, PIV1, a 229E.

respirační vzorky z 386 nemocí (95.8%) byly k dispozici pro molekulární testování. Sto sedmdesát dva (44.6%) vzorků byly pozitivní na alespoň jeden z virů testovány (Tabulka 1), s pikornavirus (n = 99), přičemž nejčastější infekce zjištěna. Všechny viry, pro které byly provedeny testy RT-PCR, byly detekovány kromě PIV2; RT-PCR nebyly identifikovány žádné infekce PIV2, zatímco dvě infekce byly nalezeny pomocí buněčné kultury. Celkově bylo 200 (49,6%) ze 403 onemocnění spojeno s alespoň jednou virovou infekcí. Více než jedna virová infekce byla identifikována u 33 nemocí(31 se dvěma infekcemi a 2 se třemi infekcemi). Dvacet dva z více infekcí zahrnovalo pikornavirus, přičemž nejčastější kombinací byl pikornavirus a RSV (n = 10); duální infekce RSV a virem chřipky A byla detekována u 3 nemocí. Další respirační virus byl identifikován u všech tří nemocí, z nichž byl izolován CMV, a u 6 z 11 nemocí, z nichž byl izolován HSV.

virová infekce byla zjištěna u 77,6% dětí mladších 5 let (Tabulka 2). U starších dětí byla infekce zjištěna u více než 50% jejich onemocnění a u dospělých byla infekce zjištěna přibližně u jedné třetiny jejich onemocnění. Mnohočetné infekce byly nejčastěji zjištěny u dětí mladších než 1 rok.

aplikace molekulárních metod k diagnostice respirační virové infekce se zvýšila frekvence, s níž respirační virové infekce je identifikována u pacientů s exacerbací astmatu (1, 6), chronická obstrukční plicní nemoc (3, 12), a bronchiolitidy (4, 10) a v předložené vzorky pro obecné respirační virové diagnostické studie (2, 9). Dříve jsme provedli epidemiologickou studii zkoumající dopad infekce respiračním virem na komunitní kohortu pomocí tradičních (kultivačních a sérologických) virových diagnostických metod. Aplikace RT-PCR testů na vzorcích sebraných v této studii se zvýšil počet virové infekce označeny přibližně 2-krát, protože zvýšená citlivost testu pro některé viry (např. picornaviruses) ve srovnání s buněčné kultury, a protože schopnost identifikovat jiné viry, které jsou špatně, nebo ne obdělávatelné (např. HMPV a koronavirus).

rodina virů s největší frekvencí detekce byly pikornaviry (enterovirus a rhinovirus), které byly identifikovány přibližně u 25% epizod onemocnění. Protože rhinovirus – a enterovirus-specifické primery použity nebyly validovány všechny druhy rhinovirus a enterovirus, je možné, že další nezjištěný pikornavirus infekce může být minul. Zvýšené identifikace pikornavirus infekcí pomocí molekulárních testů je v souladu s nálezy v jiných studiích o děti méně než 5 let věku a u pacientů s astmatem, CHOPN a bronchiolitidy (1, 6, 7, 10, 12).

Stručně řečeno, použití molekulárních diagnostických testů zvýšilo frekvenci identifikace respirační virové infekce u osob přijatých do nemocnic akutní péče s akutním respiračním stavem. V této kohortě, více než 75% respiračních onemocnění u dětí mladších 5 let věku byly spojeny s detekce respiračních virů, ve srovnání s 25 až 37% onemocnění u dospělých. Prevalence respiračních virových infekcí může být i vyšší, protože jsme neměli test pro NL63 nebo HKU1 coronaviry nebo PIV typu 4. Pikornavirus (hlavně rhinovirus) byly infekce nejčastější infekce zjištěné u pacientů všech věkových kategorií, doplněno ty způsobené RSV a viry chřipky. Použití molekulárních testů zvyšuje frekvenci identifikace respirační virové infekce ve srovnání s klasickými virovými diagnostickými metodami buněčné kultury a sérologie.