Crocodylus intermedius je druh krokodýla jsou nejvíce ohrožené. Nejdůležitější známá populace tohoto druhu je v říčním systému Cojedes (SRC), Venezuela, oblast pod silným lidským tlakem. Na základě nočních počtů byla populace krokodýla Orinoka v SRC odhadnuta na minimálně 547 jedinců(s výjimkou potomků). Oddíly ve střední části SRC, zejména ke konci Cano de Agua, ukázaly, že nejvyšší populační indexy (7.3 ind/km). Přechodné populace indexy byly pozorovány v Cojedes Norte a Cano de Agua Norte (2.2 a 4.4 ind/km, v tomto pořadí), úseky SRC relativně blízko důležitých městských center a poměrně vysoké úrovně změně stanovišť a znečištění. Nejnižší populační indexy (<1,0 ind / km) byly pozorovány v splavných úsecích SRC daleko od velkých městských center. Krokodýlí populace v severní části SRC dominuje mladistvých, zatímco sub-dospělí a dospělí tvořily významnou část populace, v místech s relativně vysokou krokodýl hustoty.